С 1955 года работал в компании IBM, где занимался вопросами организации компьютера. Он был менеджером проекта по разработке прототипа ЭВМ IBM7090. В 1961 году Флинн получил ученую степень доктора наук, а в 1975 стал профессором Стэнфордского университета.
В 1995 году он получил премию им. Гарри Гуда.
Книги
- Michael J. Flynn and Stuart Oberman. "Advanced Computer Arithmetic Design." John Wiley and Sons, New York, 2001, ISBN 0471412090
- Shlomo Waser and Michael J. Flynn. "Introduction to Arithmetic for Digital Systems Designers. " Holt, Rinehart, and Winston, New York, 1982 ISBN 0030605717
- Jerome C. Huck and Michael J. Flynn. "Analyzing Computer Architectures. " IEEE Computer Society Press, New York, 1989, ISBN 0818688572
- M. J. Flynn, N. R. Harris, and D. P. McCarthy, Editors. "Microcomputer System Design: Lecture Notes in Computer Science. " Dublin, 1981, Springer-Verlag, 1984, ISBN 3540111727
- Michael J. Flynn. "Computer Architecture: Pipelined and Parallel Processor Design " Jones and Bartlett, Boston, 1995, ISBN 0867202041
