Магомед Энеев был сыном Али Энеева (Али-эфенди), балкарского мусульманского проповедника. Три года учился в Турции в Стамбуле, вернувшись в Россию поддержал большевиков. В мае 1918 года Магомед Энеев участвовал в работе III съезда народов Терека, где был избран в руководящий орган съезда. Он активно участвовал в создании Горской Советской Социалистической Республики, первого советского государственного образования на Северном Кавказе. В 1921 году, после выделения из Горской Республики балкарской национальной автономии, Энеев был председателем балкарского окружного исполкома. В декабре 1923 года был назначен секретарем Чеченского организационного бюро РКП(б). Позже занимал руководящие должности в Северо-Кавказском округе. Покончил с собой в 1928 году в своей квартире в Ростове-на-Дону.
Энеев составил азбуку родного языка на основе латиницы. Он рассматривается в балкарской истории не только как революционер, но и как национальный просветитель и государственный деятель, способствовавший становлению балкарской государственности. Его сын Тимур Магометович Энеев — академик РАН, известный ученый в области космонавтики.
