Родился в городе Пачитане на юго-востоке острова Ява в семье военного. В 1973 году окончил Национальную военную академию в городе Магеланг, став лучшим выпускником года. В 1980-х годах изучал экономику в Университете Уэбстера (США), в 2004 году защитил докторскую степень в области экономики сельского хозяйства в Богорском сельскохозяйственном институте (тема диссертации — «изучение финансовых инструментов развития экономически отсталых регионов Индонезии»).
Служил в вооруженных силах страны, возглавлял военные округа Большой Джакарты и Южной Суматры, работал начальником управления по социально-политическим делам вооруженных сил. В 2000 году вышел в отставку в звании генерал-лейтенанта.
В 1999 году стал министром горнодобывающей промышленности в правительстве президента Абдуррахмана Вахида. Затем занимал пост министра-координатора по вопросам политики и безопасности. В марте 2004 года Юдойоно ушёл в отставку и основал Партию демократов.
20 сентября 2004 года на президентских выборах Юдойоно был избран главой государства, получив свыше 60 % голосов избирателей.
На состоявшихся 8 июля 2009 выборах, Юдойоно был переизбран на второй срок.
