Учился в частной классической гимназии в Санкт-Петербурге и в Николаевском инженерном училище.
В 1880—1884 гг. состоял при геодезическом отделении Академии Генерального штаба и Пулковской обсерватории, после чего назначен на триангуляцию в Финляндию.
В 1884 году ездил в Швецию для изучения нового базисного прибора Иедерина, а в 1892 — в Англию и Соединённые Штаты Северной Америки для ознакомления с полевыми геодезическими работами и посещения главных обсерваторий.
С 1889 года — преподаватель высшей геодезии и топографии в Военно-топографическом училище.
С 1897 по 1905 гг. был председателем отделения математической географии Императорского русского географического общества и состоял профессором Академии генерального штаба.
Кроме отдельных книг написал ряд статей по геодезии в «Записках Военно-Топографического Отдела Главного Штаба» (1885—1896), в «Журнале Русского Физико-Химического Общества» (1892), в «Известиях Импер. Рус. Геогр. Общ.» (1893—1900), в «Изв. Рус. Астроном. Общ.» (1894—1899), в финляндском географическом журнале «Fennia» (1889—1893), в парижском журнале «Revue de G?ographie» (1895), в американском сборнике «Smithsonian Report»: «The history of geodetic operations in Russia» (1891). Кроме того, Василий Васильевич поместил много статей по астрономии и геодезии в «Энциклопедическом Словаре Брокгауза и Ефрона».
Книги В. В. Витковского
- «Военная телеграфия» (СПб., 1881 и 1883)
- перевод «Геодезии» Кларка (1890)
- «За океан: путевые записки» (СПб., 1894 и 1901)
- «Практическая Геодезия» (1893 и 1911)
- «Топография» (1904)
- «Картография» (1907)
