Родился в городе Арекипа 2 апреля 1834 года в семье известного судьи, доктора Эдуардо Гарсии Кальдерона. Образование получил в Колледже Независимости в своём родном городе, где он впоследствии сам преподавал философию и математику. Франсиско Гарсия Кальдерон стал знаменитым выдающимся юристом, написал Словарь Перуанского Законодательства, который издавался два раза. Избрался в парламент в 1867 году в течение первого правительства Мариано Игнасио Прадо.
В 1868 году в течение краткого времени занимал пост министра финансов.
Несколько лет возглавлял влиятельный перуанский банк того времени Банк Провиденсия.
Президентство
После чилийской оккупации Лимы, действующий президент Николас де Пьерола создал правительство в эвакуации. Оставшиеся в Лиме политики объединились и выбрали временным президентом Франсиско Гарсия Кальдерона.
Чилийские оккупационные власти не признали правительство Франсиско Гарсия Кальдерона легитимным, в отличие от правительства Пьеролы, в результате тот вынужден был отказаться от претензий на власть 28 ноября 1881.
После президентства
В 1884 году он был избран в Сенат и стал председателем Сената. Впоследствии стал ректором Национального Университета Сан-Маркос.
Франсиско Гарсия Кальдерон умер в Лиме в 1905 году в возрасте 69 лет.
