Был преподавателем, потом инспектором академии. С 1885 г. член палаты депутатов; принимал деятельное участие в обсуждении вопросов народного образования и был одним из видных членов комиссии для пересмотра системы среднего образования. В 1892 г. он был назначен министром народного просвещения.
Правительство 1893
С апреля по ноябрь 1893 г. был министром внутренних дел и президентом совета министров. При нем происходили франко-русские торжества. При открытии новой палаты министерство Дюпюи распалось вследствие разногласия между его членами. По образовании министерства Казимира Перье Дюпюи был избран президентом палаты депутатов и выказал в этом качестве большое мужество во время взрыва, происшедшего в Палате 9 декабря 1893 г., когда анархист Огюст Вальян бросил в зале заседаний бомбу. В этот день он произнёс знаменитые слова: «Заседание продолжается! (La s?ance continue!)», известные в России как любимая реплика Остапа Бендера.
Правительство 1894
31 мая 1894 г., после падения министерства Казимира Перье, он образовал свой второй кабинет; при нем был убит Карно; Дюпюи сохранил власть и в краткое президентство Казимира Перье, но имел постоянные столкновения с ним, которые и привели к отставке последнего; вслед за ним вышел в отставку и Дюпюи (26 января 1895 г.). Во время этого министерства Дюпюи был осужден капитан Дрейфус.
Правительство 1898
Когда дело Дрейфуса привело к отставке кабинета Бриссона, Дюпюи (1 ноября 1898 г.) сформировал свой 3-й кабинет, который держал себя довольно нейтрально по отношению к делу Дрейфуса; при нем кассационный суд производил доследование и вынес благоприятную для Дрейфуса резолюцию, вызвавшую пересмотр дела.
В июне 1899 г. министерство Дюпюи пало вследствие обстоятельств, находившихся в связи с ним. 11 июня президент республики Эмиль Лубе был оскорблен националистами во время скачек в Отейле, на которых он присутствовал (ему нанесен удар палкой по голове); в палате был сделан запрос по поводу странного поведения полиции, которая присутствовала на скачках в чрезмерном количестве, якобы для охраны Лубе, и в то же время ничего не сделала для действительной его охраны. В этом увидели преднамеренность, министерство получило вотум недоверия и вышло в отставку, уступив место министерству Вальдека-Руссо.
