Занимал должность Председателя Президентского совета (???? ???? ???????) с 26 июня 1978 по 27 декабря 1978. В апреле 1980 президент Абдель Фаттах Исмаил ушёл в отставку «по состоянию здоровья», официально передал свои высшие партийные и государственные посты премьер-министру Али Насеру и эмигрировал. Али Насер в свою очередь взял курс на нормализацию отношений с арабскими соседями — ЙАР, Оманом, Саудовской Аравией и арабскими странами Залива (у него уже были хорошие личные отношения с руководителями этих государств), нормализацию отношений с Западом.
Во внутренней политике он поддерживал развитие внутреннего рынка, частного предпринимательства, пытался привлечь деньги йеменских эмигрантов в экономику НДРЙ. Это привело к усилению недовольства внутренней партийной оппозиции политике президента, недоверию со стороны руководства СССР. В 1985 Али Насер Мухаммад, остававшийся с августа 1971 премьер-министром НДРЙ, уступил этот пост Хайдару Абубакру аль-Аттасу. 13 января 1986 Али Насер и его сторонники предприняли в Адене попытку государственного переворота «сверху»: лидеры оппозиции ЙСП Абдель Фаттах Исмаил, Али Ахмад Насер Антар, Али Шаи Хади и Салех Муслах Касем были расстреляны на специально подстроенном заседании Политбюро.
Сторонники Али Насера Мухаммеда развязали террор против сторонников Фаттаха и Али Антара. Однако важнейшие пехотные и танковые части армии НДРЙ встали на сторону оппозиции. Начавшиеся боевые действия привели к гибели 10 000 человек. Али Насер Мухаммед и несколько тысяч его сторонников бежали в Северный Йемен. Здесь Али Насер проживал до объединения Йемена в 1990, затем переехал в Дамаск, где возглавляет Центр арабских стратегических исследований. В 2006—2008 наметилось его возвращение к участию в политической и общественной жизни Йемена.
