Иоанн был сыном Андроника IV. После того как в 1373 году отец Иоанна Андроник пытался поднять мятеж против своего отца Иоанна V, император приказал ослепить преступника вместе со своим внуком. Но это сделали не полностью, и Иоанн как и его отец, сохранил зрение, хотя видел плохо, косил и часто моргал.
В 1381 году Иоанн получил в владения Селимврию. В апреле 1390 года Иоанн при поддержке турецкого султана Баязида, захватил столицу Константинополь, сверг деда и принял царскую власть над страной. Его правление правда, продолжалось совсем недолго, всего несколько месяцев. Младший брат Андроника IV, Мануил, двинулся на помощь отцу и вынудил бежать узурпатора из столицы.
В 1398 году Иоанн опять поднял восстание против Мануила. Но видимо, признав надвигающую угрозу турецкого нашествия, Палеологи объединились. Мануил уехал в Европу искать помощь против турок, а сам Иоанн, оставшись в городе, в 1402 году был вынужден отбивать турецкую осаду. К счастью для греков, турки сняли осаду и ушли в Азию, где на них внезапно напал эмир Тимур, взявший султана Баязета I в плен. Мануил вернулся из Европы в 1403 году и даровал Иоанну во владение остров Лемнос и Фессалонику.
Иоанн умер в 1408 году, сохраняя титул императора лишь как почётный. Женат на Ирене Гаттилузио, дочери генуэзского правителя Лесбоса, их единственный сын Андроник (иногда называемый Андроником V) умер малолетним.
