Начало карьеры
Родился 11 февраля 1776 года на острове Корфу, где отец его, Антон Каподистрия (1741—-1819), потомок семьи, переселившейся на Корфу в конце XIV века из городка Капо д’Истрия, занимал разные почётные должности на службе у венецианского правительства.
Иоанн Каподистрия, окончив курс философии и медицины в Падуанском университете, поступил на дипломатическую службу на родине. В 1802 году ему было поручено объехать большую часть Ионических островов, ввести там русские гарнизоны и устроить гражданское управление. В 1803 году он был назначен статс-секретарем республики Ионических островов по иностранным делам, в 1807 году — начальником милиции.
Министр иностранных дел России
Тильзитский мир 1807 года, по которому русское управление было заменено на французское, стал препятствием к дальнейшей карьере Каподистрия на родине; он перешёл на русскую службу и был причислен к министерству иностранных дел (1809 год). Через два года он был определён секретарем русского посольства в Вене, затем вёл дипломатическую переписку Чичагова; на него же было возложено поручение выработать проект устройства Бессарабии, только что присоединённой к России.
В 1813 году сопровождал Александра I в качестве начальника канцелярии, а затем был послан в Швейцарию с поручением привлечь её к союзу против Наполеона. Удачное исполнение поручения, а также блестящие таланты, обнаруженные им на Венском конгрессе, обеспечили ему быструю карьеру.
В 1815 году ему было пожаловано звание статс-секретаря; 9 (21) августа 1816 года был назначен управляющим Министерством иностранных дел и занимал эту должность до 1822 года. Работал для укрепления союза между Францией и Россией и старался удерживать Александра от увлечения идеями Священного Союза; кроме того, был противником вмешательства в борьбу партий в Неаполе, хотя особо энергичных действий в этом направлении он не принимал. С 1816 года был управляющим Коллегией иностранных дел (подчинялась мнистру иностранных дел) был Карл Нессельроде, который также ведал внешними сношениями.
Как грек, сочувствовал начавшейся в марте 1821 года революции в Греции, но как дипломат и карьерист не решался действовать энергично и остался на службе, когда Россия по вооружённом выступлении под руководством Александра Ипсиланти приняла явно враждебное Греции положение, видимо, надеясь на то, что развитие событий в конце концов заставит Александра I согласиться на «понудительные меры» против Порты. Весной 1822 года, несмотря на решительные возражения Каподистрии, Александр I принял предложение австрийского министра иностранных дел Клемента Меттерниха о проведении в Вене конференции держав по Восточному вопросу. Считая, что дальнейшее согласование дипломатических шагов России с австрийской политикой будет иметь неблагоприятные последствия для Греции, Каподистрия решил отстраниться от этих дипломатических мероприятий и не принимать участия в их подготовке и обсуждении на служебных докладах. В мае 1822 года император во время частной аудиенции, данной Каподистрии, предложил ему отправиться снова «для поправления здоровья» на воды, оставшись формально при своей должности (отставку он получил в 1827 году).
Ещё раньше дважды отвергнув предложение тайного общества греческих повстанцев «Филики Этерия» стать во главе её (хотя в 1814 году он сам основал гетерию филомузов), Каподистрия и теперь оставался зрителем борьбы, поддерживая инсургентов лишь деньгами и бессильным заступничеством при европейских дворах.