Военная карьера
Своё детство он провёл в Тоскане. По воле отца, Леопольда II, вскоре после его коронации (9 октября 1790 года) в ноябре 1790 года Карл был усыновлён своей тётей, эрцгерцогиней Марии Кристиной и герцогом Альберт Саксен-Тешенским, у которых не было своих детей.
В 1791 году он вместе с родителями переезжает в Нидерланды. С юности Карл страдал от эпилептических приступов. Сначала родители хотели, чтобы он начал духовную карьеру из-за слабости здоровья, однако по велению его дяди императора Иосифа II его определяют на военную службу. По традиции Венского двора, Карл-Людвиг-Иоганн в пятилетнем возрасте был назначен командиром пехотного полка Его императорского величества.
Свою военную карьеру Карл начал во время революционных войн в 1792 году. Первое боевое крещение состоялось в сражении при Жемаппе 6 ноября 1792 года. В 1793 году он командовал кавалерийским полком в сражении при Альтенховене. В 1793 году его назначают губернатором Нидерландов и присваивают звание фельдмаршал-лейтенанта. Одновременно он остаётся военачальником в австрийской действующей армии принца Кобурга. Вскоре он получает очередное звание фельдцейхмейстера. Он принимал участие в битве при Флерюсе. Однако, из-за ссоры с главнокомандующим принцом Кобургом из-за действий в войне против Франции, Карл вынужден вернуться в Вену. В 1796 году Карл-Людвиг-Иоганн возвращён в армию и назначен сперва командующим Нижнерейнской, а затем Верхнерейнской австрийскими армиями. Ему было присвоено звание генерал-фельдмаршала. Командование австрийскими армиями эрцгерцог Карл начал успешно: он одержал над французскими войсками ряд побед и оттеснил их за Рейн. Он предложил венскому правительству и гофкригсрату следующий план действий: заключить на Рейне перемирие с французами, а его армию оттуда перебросить на север Италии. Однако его план не был принят. После неудач австрийцев в Италии в том же году он получил начальство над остатками тамошней армии, но поправить дело уже не мог, и кампания скоро закончилась Леобенским перемирием.
В войну 1799 года Карл командовал австрийской армией, сосредоточенной на берегу реки Лех и после победы при Штокахе принудил Журдана отойти за Рейн; дальнейшим успехам его помешали распоряжения австрийского гофкригсрата. Недовольство Карла-Людвига-Иоганна было настолько сильным, что полководец в 1801 году оставил пост командующего и уехал в город Прагу. Однако, сразу же за ним туда последовал посланник из Вены с просьбой возглавить защиту Богемии от французов. Для этого эрцгерцог Карл сформировал Богемский корпус волонтёров, но возглавить его не смог по причине болезни.
В 1800 году, после поражений, нанесённых австрийцам при Маренго и Гогенлиндене, Карл согласился опять принять командование армией, упорядочил отступление войск и заключил с французами перемирие, послужившее основанием Люневильскому миру. С 1800 года по 1809 год он является генерал-губернатором Богемии.
Период первых реформ
9 января 1801 года Карл был назначен президентом гофкригсрата и фельдмаршалом. Он начал реформировать австрийскую армию. В декабре 1801 года было учреждено Военное министерство. В обязанности Военного министерства входила забота о финансах, касающихся всей армии и ведения войн. В результате реформ Карла в 1802 году были произведены следующие изменения:
- Сапёры и минёры теперь имели отдельные корпуса. Инженеры, под командованием генерал-квартирмейстера, должны были быть сформированы только на случай войны.
- Артиллерия была реорганизована. Была внедрена линейная и резервная система.
- Расформированы легкие пехотные батальоны и преобразованы в тирольский егерский полк. Также были расформированы два старых кавалерийских полка — Егерский кавалерийский полк (J?ger zu Pferd) и Славянский пограничный гусарский полк (Slavonische Grenz-Husaren-Regiment).
- Генеральный штаб был разделён на 3 секции: Адъютантская служба со штабом генерал-квартирмейстера для обучения новых офицеров, Топографический отдел и Военный архив.
- Сформированы 3 уланских полка.