В 1905 году сверг с поста Президента Эквадора Леонидоса Плазу.
Руководитель либеральной революции при которой было проведено отделение церкви от государства, разрешен развод, создано большое количество общественных школ, построены железные дороги и модернизирована армия. Убит консерваторами в Кито: его тело протащили по улицам города и сожгли.
Память
- В честь Элоя Альфаро была названа леворадикальная организация «Альфаро жив, чёрт побери!», боровшаяся с неоконсервативным правительством в 80-х годах XX века.