С 1924 года был заведующим Бюро интродукции растений в ВИРе, в котором занимался работой по учету поступающих из-за рубежа семян.. Интродукция растений предполагало работу по выделению из мировой коллекции растений ценных для хозяйственного использования форм и их внедрению.
Историк Левина отмечает: «По существу, вся жизнь Н. И. в науке была наполнена борьбой, и не только за идеи — за фонды, кредиты и проч. Конфликты эти начались не в середине 30-х гг., а практически с момента организации института. Его оппонентами при oбсуждении программы в 1925 г. были многие, и в их числе А. Г. Лорх и А. К. Коль, в 1927 г. во время его отсутствия, президиум института, подогреваемый амбициозностью заведующего отделом интродукции Д. Д. Арцыбашева, выразил официально порицание директору за неумение организовать работу института, и Вавилов подавал в отставку, не принятую президиумом во главе с Н. П. Горбуновым».
В советской прессе была организована кампания политических обвинений Вавилова с использованием прямой фальсификации реальных событий в сельскохозяйственной науке. Уже 29 января 1931 года в «Экономической газете» была опубликована "являвшаяся в полном смысле политическим доносом" статья заведующего Бюро интродукции растений ВИР биолога А. К. Коля, критиковавшего Вавилова и его работу как руководителя ВИР. В статье утверждалось, что «гегемонию в нашей сельскохозяйственной науке завоевывает учреждение насквозь реакционное, не только не имеющее никакого отношения к мыслям и намерениям В. И. Ленина, но и классово им чуждое и враждебное». Как отмечает В.Д. Есаков, "Все замечания и предложения А. Коля, по сути дела, сводились к полному заимствованию иностранных селекционных сортов, что вновь воскрешало, казалось бы, давно ушедшее в прошлое неверие в собственные силы отечественной науки"; "А. Коль... являлся ярым противником сбора Н.И. Вавиловым мировых коллекций растительных ресурсов, и весьма прискорбно, что его точка зрения становилась определяющей в отношении партийно-государственного контрольного органа к этому перспективному направлению".
В ответном письме, опубликованном 13 мая 1931 года в той же газете, Вавилов опроверг эти обвинения: "Если и можно обвинять ВИР, то за его широкий размах, за его углублённую широкую работу, которая охватила за короткое время земной шар и в то же время дошла вглубь до оценки мукомольно-хлебопекарных особенностей наших сортов пшениц. Развёртывая работу, мы учитывали те задачи, которые ставит перед собой социалистическая реконструкция зeмледелия на основе укрупнённого специализированного производства в огромной стране с разнообразием климата и почв... Развёртывая исследовательскую работу, в настоящее время приходится учитывать запросы и сегодняшнего, и завтрашнего дня. Эти широкие задачи пугают "людей в футляре", но они соответствуют по масштабу социалистической реконструкции, проводимой в советской стране".
