Во исполнение данного приказа руководил поддержанием дисциплины в Галлиполи самыми жёсткими мерами, включая смертные приговоры, вызвавшие протесты со стороны представителей либеральной эмигрантской общественности, в том числе П. Н. Милюкова.
С конца декабря 1921 находился во главе частей 1-го Армейского корпуса в Болгарии. С 8 ноября 1922 — помощник Главнокомандующего Русской армии. Некоторое время жил в Сербии. В марте 1924 был освобождён от этой должности в связи с переездом в Париж и переходом в распоряжение великого князя Николая Николаевича. Был сторонником активных действий против советской власти, развития контактов с тайными организациями на территории СССР, которые, как выяснилось впоследствии, действовали под контролем чекистов (в частности, сотрудничал с организацией «Трест», деятельность которой курировало ОГПУ).
После смерти основателя РОВС генерала Врангеля великий князь Николай Николаевич назначил генерала Кутепова председателем Русского Обще-Воинского Союза (РОВС). В этом качестве Кутепов активизировал деятельность организации, направленную на борьбу с советской властью, вплоть до использования террористических методов. В 1927 году группой боевой организации Кутепова организован взрыв в здании Ленинградского партклуба, произведено минирование общежития сотрудников ОГПУ в Москве.
Гибель
26 января 1930 года был похищен в Париже агентами советской разведки. Операцией руководили начальник 1-го отделения ИНО ОГПУ Яков Серебрянский и заместитель начальника Контрразведывательного отдела ОГПУ С. В. Пузицкий.
Длительное время судьба Кутепова оставалась неизвестной, пока в 1989 году не была опубликована информация о том, что генерал скончался от сердечного приступа на советском пароходе по пути из Марселя в Новороссийск. Возможно, что приступ спровоцировала большая доза морфия, которую генералу ввели при похищении.
По воспоминаниям П. А. Судоплатова «Разведка и Кремль», Кутепов был задержан на одной из улиц Парижа тремя сотрудниками иностранной резидентуры ОГПУ, одетыми в полицейскую форму, под предлогом проверки документов. Вынужденный сесть с ними в автомобиль, генерал оказал физическое сопротивление и скончался от сердечного приступа. Был тайно захоронен в саду частного дома, принадлежавшего одному из советских нелегалов в пригороде Парижа. В архиве Префектуры полиции Парижа хранится и доступно исследователям на основании мотивированного запроса полицейское расследование о похищении генерала Кутепова.
Награды
Орден Святого Георгия 4-й степени (26.09.1916)
Орден Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом (1905)
Орден Святой Анны 4-й степени с надписью «За храбрость» (1905)
Орден Святого Станислава 3-й степени с мечами (1905)
Георгиевское оружие (1917)
Знак 1-го Кубанского (Ледяного) похода
Орден Святителя Николая Чудотворца (1920)Пр. ВСЮР (11.07.1920)№ 167
Семья
Супруга — Лидия Давыдовна, урождённая Кют (ум. 1959). Сын генерала Кутепова Павел Александрович (1925—1983) в 1944 году в Югославии вступил в Красную армию, вскоре был арестован и вывезен в СССР. Освобождён в 1954 году, в 1960—1983 работал переводчиком в отделе внешних церковных сношений Московского патриархата.
Мемориал
В 1921 году вблизи русского кладбища турецкого города Гелиболу на европейском берегу пролива Дарданеллы русскими эмигрантами во главе с Кутеповым был открыт и освящен Русской православной церквью мемориал в виде каменного кургана. Затем, когда генерал Кутепов покидал город, кладбище и мемориал были торжественно переданы на попечение местной администрации. Однако после землетрясения 1949 года курган был сильно разрушен и позже разобран.
В 2008 году мемориал восстановлен и вновь торжественно освящен Русской православной церквью.