В 1825—1849 годах занимал различные дипломатические посты в ряде стран Европы и Африки, в том числе в Египте в 1831—1837 годах. Используя личные связи с представителями египетского двора, в 1854 году получил от правителя Египта Саида-паши концессию на сооружение Суэцкого канала. В 1859—1869 годах руководил строительством этого канала. Успешное завершение строительства и открытие Суэцкого канала принесли ему заслуженную славу: Лессепс стал членом множества научных обществ, награжден орденом Почетного легиона.
С 1875 года почётный член Английского королевского общества, в 1884 году избран членом Французской академии.
Его репутацию не смог подорвать даже скандал с возглавляемым им с 1879 года акционерным обществом «Панама» для сооружения Панамского канала. Крах этой компании в 1889 году привел к разорению десятков тысяч мелких держателей акций. Для сокрытия хищений, злоупотреблений и тяжелого финансового положения правление компании подкупило французских министров, сенаторов, депутатов и редакторов газет. В переносном смысле слово «Панама» стало означать крупную политическую и финансовую аферу.
После официального расследования Лессепс и его сын Шарль были приговорены в феврале 1893 года к пяти годам заключения. Отбывать наказание пришлось только сыну и то недолго, так как вскоре суд отменил это решение.
От двух браков Лессепс имел 17 детей. Последний его ребенок, дочь Гизела, родилась в 1885 году, когда ему было 80 лет. В честь Лессепса названа площадь в Барселоне.
