Принцесса Мария родилась в берлинском Городском дворце в семье Фридриха Вильгельма Карла Прусского и Марианны Гессен-Гомбургской. Детство принцессы прошло в силезском дворце Фишбах. В 1842 году Мария Фридерика вышла замуж за наследника баварского престола Максимилиана, будущего короля Баварии Максимилиана II.
10 марта 1864 года Мария Фридерика овдовела и в 1874 году перешла в католицизм. Она уединилась в загородном доме в долине Лехталь и замке Хоэншвангау. Похоронена в одной из боковых капелл мюнхенской Театинеркирхе напротив своего супруга Максимилиана II.
Потомки
В браке с королём Максимилианом родилось двое сыновей:
- Отто Вильгельм Луитпольд (1848—1916), король Баварии
- Людвиг Отто Фридрих Вильгельм (1845—1886), король Баварии
