Сын генерал-лейтенанта графа Ивана Александровича Апраксина. Родился в 1787 году, получил домашнее образование. 22 сентября 1800 года определён на военную службу юнкером в лейб-гвардии артиллерийский батальон. 28 декабря 1801 года произведён в подпоручики с переводом во 2-й артиллерийский батальон.
С 28 сентября 1802 года служил в Кавалергардском полку. В 1805 году совершил поход в Австрию против французов, где принял участие в Аустерлицком сражении. За отличие был награждён орденом св. Анны 4-й степени.
В 1806—1807 годах Апраксин находился в Восточной Пруссии, где вновь сражался с французами. Отличился в делах на реке Пассарге, при Гейльсберге и под Фридландом.
В 1809 году в чине штабс-ротмистра состоял адъютантом при военном министре. Принимал участие в кампании против турок в 1809—1811 годах. 8 декабря 1810 года награждён золотой шпагой с надписью «За храбрость».
1 декабря 1811 года произведён в подполковники и назначен Санкт-Петербургским полицмейстером. Находясь на этой должности Апраксин получил ордена св. Владимира 3-й степени, св. Анны 3-й степени и св. Анны 2-й степени. 27 декабря 1817 года произведён в генерал-майоры с увольнением от службы.
В 1831 году вернулся на военную службу с чином генерал-майора, был зачислен по Отдельному корпусу жандармов и награждён орденом св. Анны 1-й степени (императорская корона к этому ордену пожалована в 1835 году). 1 декабря 1835 года за беспорочную выслугу был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 5106 по кавалерскому списку Григоровича—Степанова). В 1837 году получил орден св. Владимира 2-й степени и вскоре был удостоен ордена Белого орла.
С 1839 по 1841 год находился в отпуску. По возвращении перешёл на гражданскую службу и в 1846 году был переименован в тайные советники. Был членом Московского общества сельского хозяйства. В черновых материалах к «Русскому биографическому словарю» сообщается, что П. И. Апраксин был сенатором, но это не находит подтверждения в официальных сенаторских списках, сенатором был его брат Александр.
Скончался Пётр Иванович Апраксин 21 декабря 1852 года.
Его братья:
- Александр (1782—1848) — сенатор
- Василий (?—1822) — полковник, флигель-адъютант
- Павел (?—1833) — статский советник
