Главный труд Мессениуса — «Scandia illustrata», обозревающая историю Швеции до царствования Кристины. Здесь Мессениус порвал со многими историческими взглядами своих современников (например, Рюдбека) и стал на вполне самостоятельную почву, вследствие чего труд его мог быть издан только в 1700—1705 гг. «Scandia illustrata» Мессениуса — своего рода подвиг, в особенности если припомнить скудость исторических трудов XVI столетия. Рассказ о литургическом конфликте в царствование Иоанна III — chef d’oeuvre в своем роде. Талант изложения соединялся у Мессениуса с большой тщательностью изыскания и редким трудолюбием.
Cын Иоханнеса Мессениуса, Арнольд Юхан Мессениус (1608—1651), также известен как историк.
