Мустафа был энергичным и дальновидным политиком. Он пытался обновить армию и государственный аппарат, чтобы сократить отрыв между Османской империей и европейскими державами, в том числе Россией.
Тем не менее в период его правления продолжался общий упадок, охвативший Османскую империю ещё в начале столетия. Попытки модернизации были недостаточными, чтобы остановить это развитие. Любые реформы или планы изменить административный статус кво встречали яростное сопротивление консервативных янычаров и имамов. Мустафа III был вынужден заручиться поддержкой западных советников, чтобы провести реформу пехоты и артиллерии. Помимо этого, султан распорядился основать Академию математики, мореплавания и науки.
Хорошо осознавая свою военную слабость, Мустафа последовательно избегал войны и был бессилен предотвратить аннексию Крыма Екатериной II. Однако последующая кампания России в Польше всё же заставила его незадолго до смерти объявить России войну, которая была впоследствии разгромно проиграна.
В переписках между Вольтером и Екатериной II, первый очень насмешливо отзывался о Мустафе, называя его «жирным и тупым».
У Мустафы было двое сыновей — Селим и Мохаммед, и пять дочерей.
