О’Махони родился в 1816 году в Килбехени в графстве Лимерик., в фермерской семье с давними националистическими традициями ( его отец и дядя были членами общества "Объединенных ирландцев" и принимали участи в восстании 1798 года). Он учился в школе в городе Корке, а после ее окончания, несмотря на запрет со стороны ирландской католической церкви поступил в протестантский Тринити колледж. В нем Джон изучал санскрит, иврит и ирландский язык.Постепенно он включился в политику, и поддерживал движение Даниэля О'Коннела выступавшего за отмену Акта о Союзе 1800 года, объединившего Ирландию и Великобританию.Но вскоре разочаровался в О'Коннеле и вступил в организацию "Молодых Ирландцев". В 1848 О’Махони принял участие в восстании "Объединенных Ирландцев" , и сражался против британской армии в графстве Типперэри.После разгрома восстания и ареста его лидера Уильяма О'Брайена он еще некоторое время скрывался на границе графств Килкенни и Уотерфорд, продолжая партизанскую войну против британских властей.
Эмиграция
Когда стала понятна бессмысленность дальнейшего сопротивления О’Махони бежал во Францию и до 1852 жил в Париже, в сильной бедности. После, он переехал в Нью-Йорк, где в среде ирландских эмигрантов, бежавших в Америку от великого голода 1845-1849 годов, были особенно сильны позиции ирландского национализма. В США О’Махони близко сошелся с Джеймсом Стефенсом, еще одним участником восстания 1848 года. Совместно они и основали организацию фениев, главной задачей которой изначально был сбор денег среди многочисленной ирландской диаспоры на нужды революционной деятельности в самой Ирландии. Разгоревшаяся вскоре гражданская война в США показалась фениям хорошим шансом приобрести столь необходимые им боевые навыки. О’Махони вступил в армию Союза и вскоре получил звание полковника в 69-м нью-йоркском пехотном полку, состоявшем преимущественно из этнических ирландцев.В этом же полку служил и другой известный ирландский националист - Томас Мигер, также участвовавший в восстании "Молодых ирландцев".
После войны О’Махони вернулся к борьбе с британской короной. Несколько миллионов долларов собранные фениями пошли на организацию восстания поднятого в Ирландии в 1867 году и рейдов вооруженных отрядов фениев на территорию Канады.Умер он в Нью-Йорке в 1877 и был похоронен в Дублине.
