Пенн с детства проявлял стремление к созерцательной и уединенной жизни и еще в бытность свою в Оксфордском университете увлёкся учением квакеров, за что отец его, английский адмирал, выгнал его из дома. Позже отец готов был простить его, ставя ему одно только условие: снимать шляпу в присутствии короля и герцога Йоркского, — но Пенн отказался и от этой уступки.
В 1668 году Пенн начал проповедовать в собраниях квакеров и написал «The sandy foundation shaken», за что его посадили в тюрьму; во время семимесячного заключения он написал еще антироялистские памфлеты «No cross, no crown» (1669) и «Innocency with her open face». Выпущенный на свободу, он вновь с жаром принялся за проповедь, за которую был предан суду, но присяжные его оправдали.
В 1670 году умер отец Пенна, перед смертью примирившийся со своим сыном. Получив в наследство значительное состояние, Пенн употреблял его на распространение квакерства, с главой которого, Фоксом, он вступил в дружеские сношения. Так как в наследство от отца Пенн получил, между прочим, долговую претензию к государству в 16000 фунтов стерлингов, то Карл II для погашения долга отдал (в 1681 году) в распоряжение Пенну обширную территорию в Северной Америке, которая и получила название Пенсильвании.
Возвратясь из Америки в Англию, Пенн был милостиво принят при дворе Якова II, что по изгнании Стюартов послужило причиной подозрительного отношения к нему и обвинения его в политических интригах: он несколько раз призывался к суду, но был оправдан. Управление колонией в это время у него было отнято, но в 1696 году снова возвращено. В начале XVIII в. он два года пробыл в Пенсильвании, устройство которой изменил в ущерб колонистам (в 1701 году).
В то время в Англии был внесен билль об отдаче в ведение королевской власти земель, уступленных государством частным лицам. Пенн поспешно отправился в Лондон и при содействии королевы Анны успел отклонить этот билль, огромные издержки на устройство Пенсильвании разорили его. Обременённый долгами, он сначала заложил ее, а в 1712 году продал правительству.
