Окончил ЛГУ в 1928-29 гг., работал научным сотрудником Новгородского музея.
В 1933 году арестован по делу «Российского студенческого христианского движения», полностью отбыл 5-летний срок наказания.
В 1941 г., после прихода немцев, стал бургомистром Новгорода. На этом посту пробыл всего два месяца, вскоре в этой должности его сменил новый бургомистр Морозов. Позднее снова перешёл на музейную работу, сопровождал музейные фонды Новгорода и Пскова вместе с отступавшими немецкими войсками.
После войны жил в ФРГ. До середины 1950-х в СССР ничего не знали о его судьбе, пока в 1955 году он не встретился на международном историческом форуме в Риме с А. В. Арциховским, который, по рассказам коллег считал Пономарева предателем и не подал ему руки.
