Учился военному делу в Италии, служил в сомалийской армии. В 1978 г. стал одним из руководителей неудавшегося путча против сомалийского диктатора Мохаммеда Сиада Барре. В зарубежной историографии этот путч однозначно квалифицируется как про-советский по направленности. Юсуф затем эмигрировал в Эфиопию, где возглавил партизанскую борьбу против режима Барре. 23 июля 1998 г. избран президентом самопровозглашённого государства Пунтленд, занимал этот пост до 1 июля 2001 г. Затем произвёл военный переворот против новых органов власти и в 2002 г. вернул себе этот пост.
10 октября 2004 г. на заседании переходного парламента Сомали, проходившем в Найроби, Абдуллахи Юсуф Ахмед был избран президентом Сомали в переходном правительстве вместо Абдулкасима Салад Хасана. В конце 2006 года при поддержке эфиопской армии ему удалось взять под контроль Могадишо, столицу страны.
29 декабря 2008 года Абдуллахи Юсуф Ахмед, занимавший пост президента Сомали последние четыре года, объявил о своей отставке на специальном заседании парламента страны.
23 марта 2012 года Юсуф Ахмед скончался на 78 году жизни в ОАЭ после продолжительной болезни
В литературе
Одно из действующих лиц романа Яна Валетова «Ничья Земля». Фигурирует в четвёртой книге «Школа Негодяев».
