В 1879 году был назначен военным министром; находился во главе экспедиции на Рио-Негро против индейцев. Хотя экспедиция была малоуспешна, тем не менее влияние Рока усилилось, и в 1880 году федералисты выставили его кандидатом в президенты; провинции Буэнос-Айрес и Корриентес, противившиеся его избранию, были усмирены, и в том же году он был избран в президенты огромным большинством. Рока пробыл президентом до 1886 года, держась примирительной политики.
Впоследствии он был президентом сената, а в 1893 году, стоя во главе правительственных войск, подавил вспыхнувшее восстание.
С 1898 года по 1904 год вновь занимал президентский пост.
