На похоронах журналистки в Севастополе присутствовал известный российский режиссер-документалист Валерий Балаян: «Общество мертво. Общество глухо. … я подумал, что мой долг прийти и попрощаться с этим человеком, которого я совершенно не видел, не знал, но которая пополнила этот печальный список убитых журналистов, таких, как Игорь Домников, как Дима Холодов, как Анна Политковская, вот теперь и Настя Бабурова. Я думаю, это те люди, которые платят огромную цену, чтобы в нашем обществе был хоть какой-то маленький свет правды или маленький источник правды».
Заместитель декана факультета журналистики Международного университета в Москве Александр Алтунян: «Я просто еще хотел прокомментировать послание Александра о том, что случайное убийство. Не случайное. Девочка все-таки была из «Новой газеты», девочка писала статьи на темы национализма. Девочка брала интервью не у Хинштейна и не у Астахова, а девочка пыталась взять интервью у Маркелова. Ну, не случайно, вот не случайно. Не говоря уже о том, что, видимо, это материалы следствия о том, что она пыталась остановить убийцу. Поэтому не стоит так говорить. Безусловно, создаются мифы. Но никто ещё не доказал, что вред от мифов больший, чем польза от них. Это первое. И даже если это миф, но в данном случае это не миф. Она там оказалась не случайно.»
Главный редактор журнала «Огонек» Виктор Лошак: «Да, даже если эта девочка оказалась, если это стечение обстоятельств, то по сути девочка получила пулю за то, что она писала».
Журналист и политолог Максим Шевченко, ведущий Первого канала, заявил, что убийство Бабуровой неслучайно, а «Новую газету», несмотря на политические разногласия, он считает лучшей газетой России на данный момент, и «именно поэтому её журналистов убивают в таком ужасном количестве».
Главный редактор газеты «Известия» Владимир Мамонтов в интервью британскому еженедельнику «The Economist» сказал: «Нормальная девушка, которая толчется около революции. А если нет революции, то ей скучно».
Международная реакция
Министр иностранных дел Франции Бернар Кушнер начал 21 января 2009 года новогоднее обращение к журналистам со слов об Анастасии Бабуровой, заявив, что её убийство не вызвало много шума в России, и пожелал, чтобы оно привлекло самое пристальное внимание в остальном мире.
23 января 2009 года президент Украины Виктор Ющенко выразил соболезнования в связи с гибелью журналистки.
Министерство иностранных дел России в ответ выпустило заявление о том, что Россию удивляют «раздающиеся со стороны высокопостав
экономист, дочь бывшего министра экономики Евгения Ясина и директор фонда, образованного предпринимателем Михаилом Ходорковским, директор программ фонда «Открытая Россия», руководитель Клуба региональной журналистики, Бывший руководитель департамента общественных связей Банка России, Вице-президент фонда «Либеральная миссия», член «Комитета 2008»