Молодость
Воспитывался при дворе своего двоюродного дяди короля Испании Филиппа II и совершенно не походил на своих непосредственных предшественников; католики возлагали на него большие надежды, так как он вынес из Испании ненависть к ереси и мог быть послушным орудием в руках иезуитов.
Личность
Немецкий историк Фолькер Пресс говорит о нём:
Досадуя на своё бессилие, император стремился отгородиться от общества и предаться художественным и оккультным увлечениям; постепенно у него развивались телесные и психические заболевания. Любимцами императора были люди низкого происхождения, потакавшие его прихотям (Филипп Ланг, Иероним Маховский и другие)….
Покровительство наукам и искусствам
В Пражском Граде, где с 1583 года жил Рудольф (стремясь покинуть Вену, где не пользовался популярностью), им была основана одна из первых кунсткамер — громадная коллекция книг, рукописей, картин, монет и всяких редкостей, пострадавшая от грабежей во время Тридцатилетней войны. Рудольф сыграл большую роль в ренессансной перестройке Праги и особенно Града. К своему двору император, игравший роль мецената, привлёк учёных и деятелей искусства различных стран — при нём в Праге работали астрономы Иоганн Кеплер и Тихо Браге, художники Бартоломей Шпранглер и Джузеппе Арчимбольдо (автор знаменитого портрета Рудольфа), скульптор Адриан де Врис.
Под руководством минералогов Рудольф собрал «Кунсткамеру» — коллекцию драгоценных камней и минералов различных регионов.
Оккультизм
Император занимался также различными «оккультными науками», в частности, пытался найти философский камень. В то время граница между астрономией и астрологией, минералогией и алхимией ещё была нечёткой. Рудольф II покровительствовал странствующим алхимикам, а его резиденция представляла центр алхимической науки того времени. Императора называли германским Гермесом Трисмегистом.
К нему были приглашены английские астрологи и алхимики Эдвард Келли и Джон Ди (который в 1584-м и 1586-м жил в Праге), занимавшиеся также и вполне серьёзными с современной точки зрения изысканиями в области математики и астрономии. Алхимиком был и работавший при его дворе (и умерший в Праге) великий астроном Тихо Браге. За 600 дукатов Рудольф приобрёл знаменитую рукопись Войнича.
Религиозная политика
Став императором, Рудольф II шесть лет не собирал имперского сейма, но должен был созвать его в 1582 году, ввиду необходимости просить у империи помощи против турок, а также ввиду религиозных споров. Рудольф II начал искоренять протестантизм в Австрии, Чехии и Венгрии. В Австрии почти все дворянство и все города исповедовали протестантизм. С восшествием на престол Рудольфа здесь началась сильная католическая реакция, а также борьба абсолютизма с областными сеймами и самоуправлением городов. Особенной силой отличалась реакция в Моравии.
Восстание против Рудольфа и утрата власти
Протестантские члены верхнеавстрийского и нижнеавстрийского ландтагов заключили между собою союз (1603) для защиты протестантизма; католики также составили унию (1605). В Венгрии владычество австрийцев переносилось весьма неохотно. Видя общее недовольство, Рудольф II думал привлечь общественное мнение на свою сторону войной с турками.
С этой целью Рудольф до последнего момента затягивал подписание мирного договора с Османской империей, пытаясь найти предлоги для его денонсации и возобновления войны против турок. Подобное поведение вызвало общее движение сословий Венгрии, Австрии и Моравии против императора, сохранившего в свои руках только относительный контроль над Чехией, Силезией и Лужицами.
Всеобщее восстание продолжало, однако, быть неизбежным, и родственники Рудольфа сочли необходимым отнять у него власть в пользу его брата Матиаса (апрель 1606 г.), сделавшего громадные уступки протестантам. По договору 1608 года Рудольф II отдал Матиасу Венгрию, эрцгерцогство Австрийское и Моравию и объявил его своим наследником в Богемии.
Для удержания за собой чехов Рудольф II вынужден был подписать 9 июля 1609 г. составленный сеймом акт, получивший название «грамоты величества» (Majest?tsbrief). На основании этой грамоты утраквисты и чешские братья были уравнены в правах с католиками. Чехи-протестанты получили право строить храмы, заводить училища, иметь свои синоды и избирать комитет из 24 дефенсоров, по 8 от каждого из 3-х сословий сейма. Комитет должен был руководить действиями консистории, управлять делами Пражского университета, собирать войско, взимать налоги для его содержания, а в случае надобности — созывать представителей протестантского населения для совещаний об общем деле.
Рудольф II придумывал средства отнять у Матиаса отданные ему земли, интриговал против него, но всё-таки должен был отречься от чешской короны. 23 мая 1611 года Матиас был коронован, а Рудольфу дали пенсию и сохранили за ним внешний почёт. Лишённый власти, изнурённый болезнью и помешательством (сифилис третьей степени), Рудольф II умер 20 января 1612 года, не оставив законного потомства, так как не был женат.
Из шестерых незаконнорожденных отпрысков Рудольфа (от Катерины Страда, дочери императорского антиквара) старший, Юлий Цезарь Австрийский, унаследовал психическую болезнь отца и умер в заточении после того, как с особой жестокостью убил свою любовницу.
Рудольф был похоронен в пражском соборе Святого Вита. Он был последним монархом, погребённым в Чехии.
