Родился в 1796 году, потомок последнего бакинского хана Гусейна Кули-хана.
Состоял на русской военной службе в Кавказских войсках и отличился в кампании 1826 года против персов при блокаде Кубы. В 1827 году Джафар Кули ага был назначен наибом Шабранского магала, а в 1830-е годы, наибом Мушкурского магала. В кампании 1829 года против турок Бакиханов находился в сражениях при разбитии эрзерумского сераскира при Мили-дюзэ и последующем занятии крепостей Хасан-кале и Эрзерума, за отличие произведён в первый офицерский чин подпоручика. Продолжая всю свою службу на Кавказе, Бакиханов за отличие в походах против горцев в 1838 году был произведён в поручики Закавказского конно-мусульманского полка и в 1841 году — в капитаны.
В кампаниях 1842 и 1843 годов Бакиханов сражался с горцами в Самурском округе и в Нагорном Дагестане, за отличие был с чином штабс-ротмистра зачислен в лейб-гвардии Казачий полк с назначением состоять по кавалерии Отдельного Кавказского корпуса и в следующем году был произведён в ротмистры гвардии. В 1844—1848 годах он также находился в Дагестане и участвовал в делах под Салтами и Гергебилем, причём особо отличился при штурме последнего аула в 1848 году и за это дело был 6 июня 1848 года награждён золотой саблей с надписью «За храбрость».
В 1849 году произведён в генерал-майоры, 26 ноября 1850 года Бакиханов за беспорочную выслугу 25 лет в офицерских чинах был награждён орденом св. Георгия 4-й степени (№ 8356 по кавалерскому списку Григоровича—Степанова). В августе 1856 года присутствовал при обряде коронования Александра II в Москве. Возглавлял депутацию от высшего сословия Дербентской губернии. С 1857 года состоял при Кавказской армии по политическим видам. В генерал-лейтенанты был произведён с увольнением от службы с мундиром и пенсией полного оклада 18 октября 1864 года. Вновь был определён 19 марта 1866 года на службу в чине генерал-лейтенанта по армейской кавалерии с состоянием при Кавказской армии. Высшим знаком отличия имел орден св. Анны 1-й степени.
В ноябре 1867 года скончался в городе Куба, откуда останки его, при торжественной, ознаменованной особенными почестями встрече, были доставлены в Баку, для погребения в фамильном склепе Бакинских ханов в Шиховой деревне, самом священном месте края.
Его сыновья Ахмед-ага и Гасан-ага также служили в русской императорской армии и состояли в распоряжении Главнокомандующего Кавказской армией. Ахмед-ага был полковником лейб-гвардии Казачьего полка, а Гасан-ага генерал-майором; старший брат Аббаскули-ага был полковником.
