Родился в семье авиаработников. После школы с отличием окончил Бугурусланское лётное училище (1967—1970 гг.). Профессиональный путь начал во 2-м Свердловском объединённом авиаотряде в должности второго пилота на самолёте АН-2.
В 1973 году поступил в Академию гражданской авиации (г. Ленинград), которую закончил в 1978 году по специальности «Инженер-пилот». С 1975 года работал в Свердловском авиаотряде и прошёл все этапы карьерного пути пилота на воздушных судах АН-24, АН-26, ИЛ-18, ТУ-154, ИЛ-86.
После окончания командного факультета Академии, в 1984 году, Скуратов был назначен на руководящую должность начальника инспекции по безопасности полётов Уральского управления гражданской авиации, а с 1987 года — на должность командира Свердловского объединенного авиаотряда.
В 1993 году, после разделения Свердловского авиаотряда, Сергей Николаевич возглавил авиакомпанию «Уральские авиалинии». С 1998 по 2004 гг. занимал пост председателя Правления Ассоциации эксплуатантов воздушного транспорта РФ.
