Джон Стюарт был сыном Мэтью, 2-го графа Леннокса, погибшего в битве при Флоддене, и Элизабет.Гамильтон, внучки короля Якова II.
После назначения в 1515 г. регентом Шотландии на период несовершеннолетия короля Якова V Джона Стюарта, герцога Олбани, граф Леннокс поднял восстания против регента. Одновременно он организовал мятеж горских кланов. Активную поддержку восстанию оказал король Англии Генрих VIII, недовольный профранцузской политикой регента. Однако отряды графа Леннокса были разбиты герцогом Олбани в столкновении у Глазго и восстание захлебнулось. Регент продемонстрировал политическую гибкость и не стал применять репрессии по отношению к лидерам мятежа. Вскоре Леннокс вновь был привлечен в регентский совет.
В 1524 г. Олбани был смещен с поста регента, власть в стране захватил граф Ангус. На все главные государственные должности были назначены родственники Ангуса, а молодой король был помещен в Эдинбургский замок на положение заложника. Леннокс как один из самых последовательных роялистов своего времени в 1526 г. вошел в контакт с Яковом V и организовал заговор с целью освобождения короля. Заговор получил широкую поддержку среди шотландского дворянства, однако 4 сентября 1526 г. Леннокс был убит при попытке освобождения короля.
