Родился в семье священнослужителя, настоятеля храма Казанской иконы Божией Матери в Эдинбурге (современный Дзинтари, составная часть Юрмалы). Окончил Рижское духовное училище (1907) и Рижскую духовную семинарию (1913). После окончания семинарии пришёл в 13-ю рижскую среднюю школу, где начал вести уроки истории родного края. Вскоре поступило приглашение от Ганфмана стать заведующим исторического отдела газеты «Сегодня», которая впоследствии получила статус четвёртой по популярности русскоязычной газеты за пределами России. Продолжая работать учителем истории, Б. Н. Шалфеев начал публиковаться в газете, а вскоре был избран депутатом городского совета.
В период Первой мировой войны Борис Шалфеев вынужден был эмигрировать в Румынию, где женился на русской женщине по имени Татьяна. После возвращения в Латвию, ставшую независимой, став заведующим историческим отделом в газете «Сегодня», начал вести активный ресторанный образ жизни, который, впрочем, был свойственен многим рижским рыцарям пера (Генрих Гроссен, Пётр Мосевич Пильский). О его приверженности ресторанным посиделкам обстоятельно повествует его коллега по печатному изданию, один из ближайших друзей, Генрих Гроссен:
В следующем ресторане, по замечанию Гроссена, наблюдается ат же атмосфера — с шумными приветствиями, беспрестанно наливающимися рюмками. В дежурном полуофициозном ресторане гостя приветствуют близкие к правительственным кругам деятели, а также городской голова Андерсен и поэт Карлис Скалбе, с которым Шалфеев ведёт продолжительный разговор. В итоге, как отмечает господин Гроссен, разговора по делу у них с журналистом так и не вышло.
В 1935 году Борис Шалфеев получает высокую должность — директора 13-й средней школы, в которой долгое время проработал учителем. Однако здровье к тому времени начало серьёзно подводить журналиста, и вскоре он скончался от продолжительного туберкулёза лёгких. Похоронен на рижском Ивановском кладбище на территории исторического Московского форштадта, «бардом»-бытописателем которого он являлся на протяжении многих лет своей журналистской и учительской деятельности.
