Шютте был сыном главы Нючёпинга, Bengt Nilsson Skr?ddare. В период учёбы в школе в своём родном городе и в течение девяти лет учёбы в зарубежных университетах он использовал фамилию Шродерус, латинизированную форму немецкой Шрёдер - фамилии его отца, что переводится как «портной».
Уже при его возвращении в 1602 году после изучения иностранных языков, он был нанят в качестве наставника молодого принца Густава Адольфа в Швеции, будущего короля, и облагораживался в течение последующего года, взяв фамилию Skytte умершего благородного семейства, родство с которым, как утверждал, он имеет по материнской линии.
В 1610 году он был отправлен в Лондон с дипломатической миссией, чтобы просить руки Елизаветы Стюарт, дочери Якова I, для молодого принца. В 1611 Шютте был назначен губернатором Вестмании, в 1617 стал высшим советником и в 1622 — канцлером Уппсальского университета, оставаясь на этом посту до самой своей смерти. Шютте принял участие в подготовке к церемонии коронации короля Густава Адольфа в 1617 году.
Став в 1624 году бароном, он получил баронство Tuutarhovi в Ингрии, Ливония, которая только что была присоединена к Швеции, и в 1629 был назначен генерал-губернатором Ливонии, Ингрии и Карелии. В 1632 был назначен ректором новой Академии Густавиана (Тартутский университет), в дополнение к его канцлерству Уппсалы, и строил планый на новый аппеляционный суд в Тарту (сегодняшняя Эстония). В 1632 Шютте вернулся из Ливонии в 1634 стал председателем аппеляционного суда Гёта в Йёнчёпинге.
В том же году, когда он стал канцлером Уппсальского университета, Шютте сделал пожертвование в пользу профессорства риторики и государственности университета. Его собственный дом в Уппсале первоначально был построен в средние века и назывался Skytteanum, это здание всё ещё используется департаментом правительства; а профессора проживают в квартирах в этом доме. С 1995 года фонд Skytte Уппсальского университета учредил ежегодную премию в области политических наук.
Из нескольких школ Швеции, названных по имени Skytte, одна действительно была основана по инициативе Johan Skytte, школа Skyttean, которая была открыта в Lycksele в Лапландии в 1631 году, но была перевезена в T?rnaby в 1867. Из-за этого вклада в образование в относительно слаборазвитой северной Швеции, в его честь было названо Королевское Сообщество Skyttean в Умео, основанное в 1956 году. Он был родителем знаменитой Vendela Skytte.
