Третий сын Казимира IV Ягеллончика, он получил хорошее воспитание под руководством своей умной матери Елизаветы Австрийской, почитаемой автором сочинения «De institutione regii pueri». Учителями его были историк Длугош и гуманист Филипп Буонакорси, более известный под именем Каллимаха. Этот последний, по убеждению современников, имел сильное влияние на короля, указывая ему средства для достижения абсолютной власти. Впоследствии появилось сочинение, в котором давались королю подобного рода советы и которое приписываемо было Каллимаху. Современная историческая критика доказала, что это — политический памфлет, составленный врагами гуманиста.
Если у Яна Ольбрахта и были намерения усилить королевскую власть, то они оказались совершенно тщетными; привилегии шляхетского сословия ещё более увеличились в царствование этого короля. Находясь в затруднительном финансовом положении, он принуждён был искать расположения шляхты, чтобы получать от неё необходимые налоги. В 1496 году петроковский сейм одобрил статут, положивший начало крепостному праву в Польше и стеснивший права мещан, в интересах шляхетского сословия.
Шляхта была так довольна этим статутом, что охотно выставило значительные вооружённые силы для экспедиции против молдавского господаря Стефана. Ян Ольбрахт имел намерение посадить на престоле Молдавии своего брата Сигизмунда, чтобы удобнее было затем вести борьбу с турками. Экспедиция окончилась в Буковине страшным поражением поляков, которое повлекло за собой опустошительное нападение татар и турок на Польшу. Планы короля расстроились; он должен был поддерживать мир с турками, чтобы оградить своё государство от опасных врагов.
Умер 17 августа 1501 года.
