После революции во Франции Дессалин участвовал в восстании на Гаити, вступил в революционную армию, участвовал в боевых действиях в Испании, дослужился до звания бригадного генерала (1799). Служил под командованием Туссена Лувертюра. После ареста Лувертюра, который руководил национально-освободительным движением на Гаити, Дессалин возглавил антиколониальное восстание на Гаити. В 1803 года нанёс поражение французским войскам. В 1804 года избран генерал-губернатором острова, 1 января 1804 года Жан-Жак Дессалин в городе Гонаив провозгласил Акт независимости Гаити, а в сентябре 1804 года провозгласил себя Императором Гаити Жаком (Яковом) I.
По распоряжению Дессалина в 1804 году было уничтожено практически всё белое население Гаити.
Убит в результате покушения. 17 октября 1806, пленив императора Жака неподалеку от местечка Понт-Руж, заговорщики разорвали его на куски. Не пощадили также кучера и камердинера.
Мария Фелисити (р. 1758), жена Жана-Жака Дессалина, умерла в Гонаиве в августе 1858 года.
