Кибаки прежде занимал должность вице-президента (1978—1988), а также ряд других высоких постов в правительстве Кении, включая посты министра финансов (1978—1981), министра внутренних дел (1982—1988) и министра здравоохранения (1988—1991).
В 2005 Кибаки неудачно провёл референдум по созданию в стране поста премьер-министра. На президентских выборах 27 декабря 2007 года он одержал победу с незначительным перевесом над лидером оппозиции Раилой Одингой, что дало последнему повод оспорить результаты выборов. Это привело к погромам и межэтническим чисткам. В результате погибло более 2500 человек. При посредничестве председателя Африканского союза президента Танзании Джакайи Киквете и бывшего генерального секретаря ООН Кофи Аннана конфликт был урегулирован созданием коалиционного правительства и назначением Раилы Одинги на созданный пост премьер-министра.
