Родился 8 октября 1840 г. в Санкт-Петербурге. Его родителями были командир 1-й лейб-гвардии артиллерийской бригады, комендант Свеаборга генерал-лейтенант Егор Христианович Альтфатер (1799—1862) и Евгения Фёдоровна урождённая фон Гаазе. Брат и сестра: Елена Элизабет (1838—1913) и Василий (1842—1909, генерал-лейтенант, начальник Санкт-Петербургского арсенала).
30 августа 1855 г. Альтфатер поступил на службу фейерверкером и 3 марта 1857 г. произведён в юнкеры. По окончании сперва Михайловского артиллерийского училища (в 1860 г.), а затем и Михайловской артиллерийской академии, Альтфатер был произведён 16 июня 1860 г. в прапорщики и оставлен при академии. Произведённый 19 сентября 1861 г. в подпоручики, Альтфатер 3 июля 1862 г. поступил в конно-артиллерийскую облегчённую № 2 батарею и в начале сентября был назначен исполняющим дела помощника столоначальника при артиллерийском департаменте военного министерства; по упразднении департамента 26 января 1863 г. занял должность помощника столоначальника Главного артиллерийского управления; 1 июля 1863 г. произведён в поручики.
18 января 1865 г. Альтфатер был назначен столоначальником Главного артиллерийского управления, но этот пост занимал немногим менее года и 6 декабря отчислился в строй 3-й гвардейской и гренадерской артиллерийской бригады. За время нахождения в бригаде Альтфатер был последовательно произведён в чины штабс-капитана (29 августа 1867 г.), поручика лейб-гвардии (23 ноября 1867 г.), штабс-капитана лейб-гвардии (12 апреля 1870 г.), капитана лейб-гвардии (8 апреля 1873 г.); также он был награждён орденами св. Анны 3-й степени (22 марта 1871 г.), св. Станислава 3-й степени (30 августа 1873 г.) и св. Анны 2-й степени.
13 января 1877 г. назначен командиром 1-й батареи в своей бригаде, с которой и отправился на театр военных действий в Турцию; 27 марта 1877 г. произведён в полковники.
За участие в боях при Телише, Плевне и за переход через Балканы Альтфатер был 31 марта 1878 г. награждён орденом св. Владимира 4-й степени с мечами и бантом, золотым оружием с надписью «За храбрость» и мечами к ордену св. Анны 2-й степени.
После войны Альтфатер продолжал службу на прежнем месте и в прежней должности. 11 октября 1889 г. он был произведён в генерал-майоры и назначен сперва командиром 10-й артиллерийской бригады, затем 14 января 1891 г. — командиром 23-й артиллерийской бригады и 4 марта 1892 г. — помощником начальника Главного артиллерийского управления.
Произведённый 28 января 1898 года в генерал-лейтенанты, Альтфатер 3 июля 1899 года занял пост исправляющего дела товарища генерал-фельдцейхмейстера и утверждён в этой должности 23 июня 1900 года.
Деятельность Альтфатера у кормила всего артиллерийского дела обнимает последний период подготовки нашей артиллерии к тому строгому испытанию, каким явилась для неё русско-японская война 1904—1905 гг. Она обнаружила позднее снабжение частей скорострельными орудиями (иногда уже на походе), полное отсутствие горных скорострельных пушек, несовершенство трубок, воспламеняющих разрывной заряд в снаряде, — несовершенство, не позволявшее стрелять через головы пехоты без серьёзного риска поражать своих, незнание высшими артиллерийскими начальниками свойств и способов употребления артиллерии в бою и так далее. К этому надо ещё прибавить, что такие важные издания, как «Краткое наставление для службы при 3-дюймовой скорострельной пушке», «Краткое наставление для обращения с 3-линейным автоматическим пулеметом системы Максима», описание этого пулемета, а также новые правила стрельбы для мортирной батареи были напечатаны, пересоставлены и розданы частям лишь в 1904 г., когда война была уже в разгаре. Всё это, конечно, не могло не отразиться на действиях русской артиллерии в бою и послужило поводом для увольнения 6 декабря 1904 г. от должности, в тот же день Альтфатер был назначен членом Государственного совета. После реформы Государственного совета в 1906 году к присутствию на заседаниях не назначался. 6 декабря 1906 года произведён в генералы от артиллерии.
В день 50-летия службы Альтфатера в офицерских чинах, исполнившегося 16 июня 1910 г., ему был пожалован орден святого благоверного князя Александра Невского. Среди прочих наград он имел ордена св. Владимира 3-й степени (30 апреля 1882 г.), св. Станислава 1-й степени (30 августа 1893 г.), св. Анны 1-й степени (14 мая 1896 г.), св. Владимира 2-й степени (1 января 1901 г.), Белого Орла (6 декабря 1903 г.).
Альтфатер скончался 24 августа 1918 г. в Петрограде, похоронен на Волковом лютеранском кладбище.
Михаил Егорович был женат на Евгении Петровне урождённой Корнилович (1845—1912), у них было двое сыновей: Борис (1881—не ранее 1916, полковник) и Василий (1883—1919, контр-адмирал, после Октябрьской революции начальник морских сил Республики и член Реввоенсовета).
