В Австро-Венгрии
По национальности чех. Из семьи мелкого чиновника. После смерти отца и окончания гимназии в 1911 году содержал всю семью - мать и троих младших братьев и сестёр. После начала первой мировой войны в 1915 году призван в австро-венгерскую армию и отправлен на Восточный фронт. Ещё в Праге Клапалек попал под сильное антиавстрийское влияние, поэтому не имея желания воевать за чужие интересы, поступил, как делали многие призванные в армию чехи - при первом удобном случае сдался в русский плен.
В России
Был зачислен в Чехословацкий легион, прошёл военное обучение и получил первый офицерский чин. Летом 1917 года участвовал в боях на Юго-Западном фронте и отличился в успешном для чешских частей сражении у Зборова. После Октябрьской революции командовал ротой в составе Чехословацкого корпуса, участвовал в походе через Сибирь во Владивосток. Об участии Клапалека в событиях гражданской войны нет доступной информации.
В Чехословакии
В 1920 году вернулся в Чехословакию и был принят в чехословацкую армию. Служил в пехотных полках в Пльзне и в Ужгороде. Окончил Военную академию, с 1932 по 1937 годы преподавал в ней. Имел воинское звание подполковника. После оккупации Чехословакии войсками нацистской Германии в 1939 году был уволен из армии. Вступил в подпольную офицерскую организацию «Народная оборона». Из-за угрозы ареста немцами в начале 1940 года бежал из страны и через Венгрию, Югославию и Турцию добрался в Палестину, где в ожидании отправки во Францию для вступления в чехословацие добровольческие части находилось несколько сотен чехов и словаков.
Вторая мировая война
Эти планы не осуществились, так как в мае 1940 года Франция была разгромлена. Тогда формированием чехословацких частей занялись англичане. Клапалек был назначен заместителем командира 4-го пехотного полка, а с ноября 1940 года командовал 11-м пехотным чехословацким полком. В мае 1941 года полк принимает боевое крещение в ходе Сирийско-Ливанской операции, затем перебрасывается в Северную Африку и доблестно сражается во всех основных сражениях Североафриканской кампании. Особенно чехословацкий полк прославился при обороне Тобрука. В 1943 году Клапалек был отозван в Великобританию и назначен командиром чехословацкой бригады. Там быстро вступил в конфликты с влиятельными членами чехословацкого правительства в изгнании. Поскольку настаивал на активном участии чехословацких частей в боевых действиях, в том числе на территории СССР, приобрёл репутацию коммуниста, хотя таковым не был.
Великая Отечественная война
В конце концов Клапалеку предоставили возможность самому принять участие в боях и в августе 1944 года он был направлен в распоряжение командования 1-го Чехословацкого армейского корпуса, сформированного и сражавшегося на территории СССР. Сразу был назначен командиром 3-й пехотной бригады и произведён в бригадные генералы. До конца войны воевал в составе корпуса, участвовал в освобождении западных районов Украины, в Восточно-Карпатской операции и штурме Дукельского перевала, в зимне-весенних операциях 1945 года по освобождению Чехословакии от немецко-фашистских войск. Дважды был ранен в боях. Стал боевым соратником и личным другом командира корпуса генерала Людвика Свободы. После перевода последнего на повышение, 5 апреля 1945 года генерал Клапалек назначен командиром Чехословацкого армейского корпуса, во главе его принимал участие в завершающих боевых действиях, которые в Чехословакии отличались ожесточенностью.
