Колонна родился в Ланувио и принадлежал к знаменитой дворянской семье из Лацио, будучи сыном Асканио Колонна и Джованны д’Арагона. Впоследствии он стал одним из самых могущественных дворян в Папской области и в испанской Сицилии.
В 1553—1554 годах, во время войны против Сиенской республики, Колонна стал командующим испанской кавалерией.
В битве при Лепанто 7 октября 1571 года его флагманская галера обеспечила победу Священной лиги над Османской империей. Возвращение Маркантонио в Рим 4 декабря 1571 года было отмечено триумфом на древнеримский манер, а папа Григорий XIII сделал его генерал-капитаном папского флота.
Маркантонио Колонна был сеньором деревни Марино, расположенной к югу от Рима, жители которой чествовали его ежегодным праздником, дожившим до наших дней под названием «Sagra dell’uva».
В 1577 году испанский король Филипп II сделал Маркантонио Колонну вице-королём испанской Сицилии.
