Биография
Родился в селе Полутино Галичского уезда Костромской губернии, ныне в составе Антроповского района Костромской области. Русский. Из крестьян. Работал плотником в родном селе.
Гражданская война
В Красной Армии с 1919 г. Член РКП(б) с 1921 г. Служил красноармейцем в 6-м запасном стрелковом полку в Костромской губернии, неоднократно участвовал в боевых операциях по подавлению контрреволюционных мятежей и крестьянских выступлений на территории губернии в годы Гражданской войны.
Межвоенный период
В 1922 году окончил 2-ю Московую пехотную школу, в 1923 году — курсы среднего комсостава. С 1922 по 1928 годы служил в 42-м стрелковом полку Московского военного округа: командир взвода, помощник командира роты, начальник полковой школы, командир батальона.
В 1931 году окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе. По окончании академии направлен в Уральский военный округ, с 1931 года — начальник штаба полка, с мая 1932 — начальник отделения штаба 45-й стрелковой дивизии. В 1933 году окончил академические курсы при Военной академии моторизации и механизации РККА и до 1937 года служил в Забайкальском военном округе. Назначен начальником отдела штаба механизированного корпуса. С октября 1933 года — начальник штаба 20-й мотомехбригады, затем начальник отдела штаба округа. С сентября 1936 года командир 32-й механизированной бригады в том же округе.
В декабре 1937 года переведён на Ленинградские бронетанковые курсы усовершенствования командного состава, был преподавателем тактики, с ноября 1938 года — старшим преподавателем, с апреля 1940 года — начальником тактического цикла курсов. С декабря 1939 по март 1940 года был откомандирован с курсов на фронт Советско-финской войны, где воевал в должности начальника оперативного отдела штаба 9-й армии, затем — заместителя начальника штаба 9-й армии по тылу. С апреля 1940 года — начальник штаба 7-го механизированного корпуса Московского военного округа, дислоцированного под Москвой.
Великая Отечественная война
В составе корпуса в первые дни войны был переброшен на Западный фронт, принимал участие в тяжелых кровопролитных боях в районе Орша-Могилев и в контрударе под Лепелем. К середине июля части корпуса понесли большие потери и были окружены. Полковник Малинин со штабом корпуса и значительной частью личного состава прорвался по вражеским тылам и перешёл линию фронта под Смоленском.
Там он был назначен начальником штаба Ярцевской группы войск Западного фронта (командующий группой — генерал-майор К. К. Рокоссовский), которая сыграла значительную роль в остановке германского наступления восточнее Смоленска (см. Смоленское сражение (1941)). Именно в тех боях Малинин сформировал один из наиболее выдающихся штабов за период Великой Отечественной войны, лучшим образом проявивший себя во всех основных сражениях войны и успешно претворявший в жизнь полководческие решения К. К. Рокоссовского. Сами К. К. Рокоссовский и М. С. Малинин стали верными соратниками и близкими друзьями. Переживший Малинина Маршал Советского Союза К. К. Рокоссовский посвятил ему много добрых слов в своей книге мемуаров. Впрочем, и другие советские полководцы отзываются о М. С. Малинине неизменно положительно.
С 19 августа 1941 года — начальник штаба 16-й армии Западного фронта. На этом посту прошёл через завершающий этап Смоленского сражения, гибель значительной части армии в Вяземской катастрофе и её воссоздание на поле боя в октябре 1941 года, оборонительные сражения Московской битвы на кратчайшем пути врага к Москве - волоколамском направлении. Успешно действовал и на наступательном этапе Московской битвы. Генерал-майор (7.10.1941).
