C 1899 года (с даты смерти великого князя Георгия Александровича) до августа 1904 года (рождение у императора Николая II сына Алексея) — наследник престола Российской империи.
Состоял членом в берлинском православном Свято-Князь-Владимирском братстве.
Во время Первой мировой войны с 23 августа 1914 года командовал Кавказской туземной конной дивизией, а с 4 февраля 1916 года 2-м кавалерийским корпусом. С 19 января 1917 года генерал-инспектор кавалерии.
Во время гражданской войны большинство белых генералов стояло на позиции «непредрешенчества», созвучную с Манифестом Михаила. Генерал Р.Ф. Унгерн фон Штернберг стремился к воссозданию Российской империи в Евразии под знамёнами императора Михаила II.
Некоторые историки</ref>В. Хрусталёв, В. Краснов, Д. Кроуфорд (D. Crawford; см. список литературы)</ref> считают его последним законным правителем от Дома Романовых.
Титулование
С рождения именовался Государем Великим Князем с титулом Императорского Высочества.
При утверждении в 1886 году новой редакции Учреждения о Императорской Фамилии было решено, что древний титул «Государь» отныне будет применяться лишь к императорам и императрицам. Все великие князья, великие княгини и великие княжны утратили эту прибавку к своим титулам.
На другой день после крещения третьего ребенка Николая Второго — третьей подряд дочери — 18 июня 1899 года скоропостижно скончался от лёгочного кровоизлияния наследник цесаревич и Великий князь Георгий Александрович. Манифест от 28 июня 1899 года (опубликован 30 июня) извещал о кончине последнего и гласил далее: «Отнын?, докол? Господу не угодно еще благословить Насъ рожденіемъ Сына, ближайшее право насл?дованія Всероссійскаго Престола, на точномъ основаніи основнаго Государственнаго Закона о престолонасл?діи, приналежитъ Любезн?йшему брату Нашему Великому Князю Михаилу Александровичу». Отсутствие в Манифесте слов «Наследник Цесаревич» в титуле Михаила Александровича возбудило в обществе недоумение: по свидетельству автора текста Манифеста обер-прокурора К. П. Победоносцева, рано утром 29 июня он составил проект в 2-х вариантах (со словами «Государь Наследник Цесаревич» и другой — без), император утвердил второй вариант; по словам Победоносцева Манифест возбудил «толки в городе и при дворе, как же это нет Наследника?» В результате, 7 июля того же года был дан Именной Высочайший указ, который повелевал во всех случаях, «доколе Господь Бог не благословит Нас рождением сына», именовать Михаила Александровича «Государем Наследником и Великим Князем». Кроме того, 6 июля 1899 года была Высочайше утверждена новая форма возношения его имени за богослужением (на основании прецедента, в богослужении по местам начали сразу использовать традиционное титулование его как «Наследника Цесаревича»), на основании чего 7 июля Святейший Синод определил: «Предписать подлежащим местам и лицам духовного ведомства, чтобы впредь при Богослужениях совершалось возношение Высочайших Имён Августейшей Фамилии по следующей Высочайше утверждённой форме: „<…> о Благоверном Государе Наследнике и Великом Князе Михаиле Александровиче, и о всем Царствующем Доме“».
Генерал А. А. Мосолов, бывший в течение ряда лет в близком окружении императора, писал в своих воспоминаниях о ситуации с титулом Михаила Александровича: «Он не получил титула цесаревича, который носил при жизни его старший брат, Георгий Александрович. Факт этот очень комментировался при дворе Марии Фёдоровны, но он легко объяснялся надеждою молодой императрицы, что у неё скоро родится сын.»
В день рождения сына Николай Второй повелел вернуться к прежнему титулованию брата.
Возможный регент
Следуя примеру предшественников, после рождения сына Наследника Цесаревича великого князя Алексея Николаевича, 1 (14) августа 1904 года император Николай II определил «Правителя Государства» (регента) на случай своей кончины до совершеннолетия наследника.