Родился 20 сентября 1975 года в Боготе, Колумбия. Ещё в раннем детстве любовь к автогонкам ему привил отец, архитектор и любитель автогонок. Прежде чем попасть в Формулу-1 Монтойя прошёл типичные для гонщиков этапы картинга и младших «Формул».
Монтойя считался одним из самых быстрых гонщиков Формулы-1 2000-х годов и за время выступления в команде Williams он показал себя с лучшей стороны. Успехи гонщика подтолкнули Рона Денниса заключить с ним контракт, и Монтойя стал напарником Кими Райкконена. Многие считали, что Деннису удалось снова создать команду-мечту, как в те времена, когда за McLaren выступали Айртон Сенна и Ален Прост. Но и в 2005-м, и в 2006-м году Монтойя смотрелся бледно на фоне своего напарника по команде. Летом 2006 года Монтойя покинул команду Макларен. С 2007 года он участвует в гонках серии NASCAR. В 2009 году впервые попал в Chase — финальную стадию борьбы за кубок NASCAR. По итогам сезона занял 8-е место.
26 октября 2002 года Хуан-Пабло женился на Конни Фрайдель. У пары трое детей: сын Себастьян (род. 11.04.2005 г.), дочери Паулина (род. 11.09.2006 г.) и Мануэлла (род. 19 июля 2010 г.).
Начало гоночной карьеры
Монтойя увлёкся картингом ещё в 1981 году, а уже в 9 лет одержал победу в гонках национального детского чемпионата по картингу. В 1986 году он выиграл в юношеском классе национального чемпионата. В последующие три года он активно участвовал и завоёвывал победы во многих гонках в серии Kart Komet. Молодой Монтойя одерживал победы на юношеских чемпионатах по картингу во Франции и Италии в 1990 и 1991 годах.
В 1992 году Хуан участвовал в гонках серии Formula Renault и в серии автогонок Skip Barber в США. В 1993 году Монтойя стал участником чемпионата Swift GTI, где он одержал победу в семи из восьми гонок. В 19 лет колумбиец участвовал в трёх сериях одновременно: Sudam 125 Karting, USA Barber Saab, и Formula N в Мексике. Так шаг за шагом Хуан-Пабло завоевал репутацию сверхбыстрого гонщика и мастера квалификации (он собирал до 80 % поулов за сезон). Карьерный рост Монтойи продолжался: в течение следующих трёх лет он участвовал в британской серии Formula Vauxhall, а в 1996 году оказался чемпионом Formula 3 в Британии.
Путь в более престижные серии
В годы своей юности гонщик жил в Австрии, не имея достаточно средств даже для уплаты за жильё и общественный транспорт. Он уже подумывал об уходе из автоспорта, как ему предложили участвовать в гонках серии Формула-3000 в сезоне 1997 года. Выступая крайне успешно на протяжении двух сезонов, Монтойя заинтересовал менеджеров команды Williams F1, в особенности Френка Уильямса. Хуан стал тест-пилотом в этой команде. Вскоре, однако, в связи с трудностями в команде колумбийца отправили гоняться в США в серии CART. И там Монтойя показал себя с прекрасной стороны, став самым молодым чемпионом в серии.
В 2000 году после гонки в Индианаполисе был заключён контракт, по которому Хуан становился боевым пилотом команды Williams на два года. В межсезонье Монтойя активно участвовал в тестах.