В 1996 году Перссон стал премьер-министром Швеции. С того же времени он возглавлял Социал-демократическую партию Швеции. В своей политической программе Перссон подчеркивал важность доступности качественного образования для процветания общества.
После поражения на парламентских выборах в сентябре 2006 года от право-центристского Альянса четырёх либерально-консервативных политических партий с лидером Умеренной коалиционной партии Швеции Фредриком Рейнфельдтом во главе, Перссон подал в отставку с поста премьер-министра.
На внеочередном конгрессе Социал-демократической партии 17 марта 2007 года Мона Салин была избрана преемником Перссона на посту председателя.
Перссон продолжает заниматься активной общественной деятельности, в частности входит в состав Европейского совета по толерантности и взаимоуважению, занимающегося мониторингом ситуации в сфере толерантности в Европе и готовящего предложения и инициативы по этой теме.
