Родился в Перу, но детство провёл в Испании, там же получил образование, участвовал в войне с Наполеоном. В 1809 году вернулся в Перу и участвовал в войне за независимость Перу. В 1822 году Хосе де Сан Мартин назначил Хосе де ла Рива Агуэро префектом города Лима. После отъезда из страны Хосе де Сан Мартина и последовавшей в связи с этим социальной и политической неустойчивости, 26 февраля 1823 года Санта Круз поднял восстание с целью привода к власти Хосе де ла Рива Агуэро. После восстания Хосе де ла Рива Агуэро объявил себя президентом Перу, впервые использовав в Перу термин «президент» для обозначения должности главы государства.
Правление Агуэро было недолгим, в Перу вторглись испанские войска и президент с правительством эвакуировались в Кальяо, после чего Агуэро полностью лишился поддержки Конгресса который ожидал прибытия Симона Боливара. Конгресс был полон решимости выдать все полномочия Боливару для оказания помощи и укрепления молодого государства. Позже Агуэро был смещён с поста президента Хосе Антонио Сукре.
Боясь окончательной потери власти и влияния Хосе де ла Рива Агуэро стремился примириться с вице-королём, но был арестован по обвинению в государственной измене и заключён под стражу перуанскими властями. Впоследствии он был сослан в Чили где написал книгу «Воспоминания и документы для истории независимости Перу и причины плохого успеха этого» (исп. Memorias y documentos para la Historia de la Independencia del Per? y causas del mal ?xito que ha tenido ?sta), эта книга является важнейшим источником по истории того времени.
Во время недолгой Перу-боливийской конфедерации Агуэро поддержал Санта Круза и стал президентом Северного Перу. После краха конфедерации удалился от общественно-политической жизни.
