Для научных интересов и взглядов Юрия Савенко характерны феноменологический подход к психическим расстройствам, широкая социальная и историко-культурная направленность.
Основные работы посвящены тревожным психотическим синдромам, проблемам «психотического уровня», предмета психиатрии, классификации психических расстройств, феноменологического метода, новой научной парадигмы в психиатрии, компенсаторных личностных механизмов, общественной опасности психически больных и т. д. Представлял отечественную психиатрию на Конгрессах Всемирной психиатрической ассоциации в Мадриде, Гамбурге, Йокогаме, Каире, Праге, организовал первые отечественные симпозиумы на съездах американской и германской психиатрических ассоциаций.
В 2009 году Юрий Савенко обращался к Президенту Российской Федерации Д. А. Медведеву с открытым письмом, в котором заявил о резком падении уровня судебно-психиатрических экспертиз в результате огосударствления судебно-психиатрической экспертной деятельности, отсутствия состязательности и предложил Президенту внести на рассмотрение Госдумы законопроект, подготовленный членами Независимой психиатрической ассоциации России.
Дело Юрия Буданова
В 2002 году была назначена очередная судебно-психиатрическая экспертиза по делу Буданова. В отличие от прошлой экспертизы, в состав комиссии входили не только психиатры из Центра имени Сербского, однако в комиссию вошел бывший директор Института имени Сербского Г. В. Морозов, под руководством которого в 70-е — 80-е годы совершались политические злоупотребления психиатрией. После общественного возмущения и направленного Независимой психиатрической ассоциацией протеста в Ростовский суд Морозов и ещё три сотрудника Центра им. Сербского заявили о самоотводе.
28 февраля 2003 года Юрий Савенко по запросу адвоката Э. Кунгаевой представил своё заключение об обоснованности и взвешенности трёх проведенных стационарных судебных комплексных психолого-психиатрических экспертиз Юрия Буданова.
12 мая 2003 года в состав комиссии экспертов для проведения повторной комплексной судебной психолого-психиатрической экспертизы включен один из представителей Независимой психиатрической ассоциации — профессор Московского научно-исследовательского института психиатрии, доктор медицинских наук А. Г. Гофман.
В связи с экспертизами Юрия Буданова Ю. Савенко отмечал:
Дело Ларисы Арап
В 2007 году стало известно о принудительной госпитализации активистки Гражданского Фронта Ларисы Арап. 10 августа Ларису Арап посетила комиссия врачей из Независимой психиатрической ассоциации. Юрий Савенко, возглавлявший комиссию, подтвердил в интервью BBC, что Арап действительно больна, но не настолько, чтобы для её лечения требовалась госпитализация. Савенко отметил, что Арап не представляет опасности для окружающих и, по его мнению, никаких оснований для недобровольного лечения в стационаре не было. Впоследствии Савенко давал интервью по этому поводу как в прессе, так и в популярных блогах — клиническому психологу Вогану Беллу (блог MindHacks) и журналисту Григорию Пасько.
