Служба при Старом режиме и Революции
1 апреля 1783 года Луи Барагэ д’Илье поступил на службу в Эльзасский (с 1791 — 53-й) пехотный полк в чине кадета. 23 июля 1787 года его произвели во 2-е лейтенанты, а 18 марта 1791 года в лейтенанты.
1 мая 1791 года подал в отставку, но уже 20 января 1792 года получил звание капитана и назначается в 11-й легкий батальон.
10 февраля 1792 года Барагэ д’Илье был назначен адъютантом генерала Крийона, а 27 мая 1792 года — адъютантом генерала Ля Бурдоннэ. С 28 июля 1792 года он служил в Альпийском легионе в чине подполковника. 20 сентября того же года произведён в полковники и 8 ноября назначен адъютантом генерала Кюстина. В 1792 году принял участие в сражениях при Спире (30 сентября), Вормсе (4 октября), Майнце (21 октября), Франкфурте-на-Майне (23 октября).
6 января 1793 года Барагэ д’Илье был ранен в бою при Хохгейме, а 4 апреля 1793 года получил чин бригадного генерала и был назначен начальником штаба генерала Кюстина, а затем генерала Александра Богарне. По приказу правительства якобинцев 28 июля 1793 года вместе с Кюстином арестован по обвинению в сдаче противнику Майнца и Франкфурта. 8 ноября отправлен сначала в тюрьму в л’Абэй, затем в Люксембург. После падения режима якобинской диктатуры, 10 июля 1794 года Барагэ д’Илье оправдан Революционным трибуналом и освобождён.
С декабря 1794 года член Военного комитета Конвента. С 25 мая 1795 года исполнял обязанности начальника Генерального штаба 17-го военного округа (Париж). Под руководством генерала Мену участвовал в разгоне восставших в предместье Сент-Антуан, за что 5 октября 1795 года был временно отстранён от должности, через шесть дней разжалован и предан суду Военного совета. 14 ноября 1795 года он был оправдан, освобождён из-под стражи, восстановлен в армии и направлен в Шербур. С 1 января 1796 года Барагэ д’Илье служил в армии Берегов Океана.
С генералом Бонапартом в Италии и Египте
8 мая 1796 года Барагэ д’Илье переведён в Итальянскую армию генерала Бонапарта. 13 августа 1796 года назначен военным губернатором Ломбардии. 24 декабря 1796 года бригада Барагэ д’Илье, входившая в состав дивизии генерала Рея, захватила крепость Бергамо.
14 января 1797 года Барагэ д’Илье отличился в битве при Риволи, а на следующий день возглавил отряд, выделенный Наполеоном для преследования отступавшей армии генерала Альвинци.
13 февраля 1797 года заменил генерала Дальманя на посту командующего пехотной дивизией под началом генерала Жубера. Одержав победу при Брентонио, захватил форт д’Арко.
20 марта 1797 года участвовал в бою при Сан-Микеле. После взятия Венеции (16 мая 1797 года) некоторое время исполнял обязанности губернатора, пока город не был отбит австрийцами. С 14 июня 1797 года Барагэ д’Илье командовал 6-й пехотной дивизией Итальянской армии, а с 9 ноября 1797 года — 7-й пехотной дивизией.
С 12 января 1798 года Барагэ д’Илье состоял в Английской армии. 19 мая 1798 года отплыл вместе с Наполеоном в Египет. 10 июня 1798 года во время высадки на Мальту он овладел батареями и бастионами в южной части острова, потеряв при этом всего трёх человек.
