Хальберр — руководитель ряда археологических экспедиций на Крите. С 1885 года проводил раскопки в «Пещере пастушек» (Spiliara tis Voskopoulas) на плоскогорье Ниды. К 1983 году эта экспедиция стала постоянной, благодаря греческим археологам Янису и Эфи Сакеларакисам.
В 1884 году Хальберр и Эрнст Фабрициус обнаружили в Гортине 42 каменных блока, исписанных знаками. Общее число знаков — порядка 17-ти тысяч. На сегодняшний день из этих блоков удалось составить 12 полных таблиц, известных как «Гортинские законы». Памятник датируется концом VII — началом VI вв. до н. э.
В 1900 году во главе итальянской археологической экспедиции Хальберр приступил к раскопкам в Фесте, одновременно с началом экспедиции Артура Эванса в Кноссе, на исследовании Кносского дворца. Одно из самых известных открытий экспедиции Хальберра — Фестский диск.
Федерико Хальберр также проводил раскопки в Агиа Триаде, где сегодня установлен бюст в его честь.
К концу XIX столетия Хальберр заинтересовался древней Ливией, в частности античной Киренаикой. Он предпринял попытку организовать раскопки в Кирене, но потерпел неудачу. В 1909 году разрешение было выдано американской экспедиции:
Публикации
Federico Halbherr: Researches in Crete. III. — The Pr?sian Peninsula. In: The Antiquary 25, 1892, 153 ff.
