Жизненный путь
Местом его деятельности была сначала Пиза.
Философия с ранних лет привлекала его. Отдавшись изучению её под руководством Аристотеля, он с первых же шагов своей самостоятельной преподавательской деятельности стал резко нападать на схоластику, господствовавшую в школьной философии того времени. Это возбудило против него вражду многих влиятельных лиц. Несмотря на наветы и даже прямые (неосновательные) обвинения в безбожии, Цезальпин не подвергся суду инквизиции и даже не был стесняем в своей преподавательской деятельности. Факт этот находит себе объяснение отчасти в самом характере его философского учения, оставлявшего место чудесам даже в естественном порядке природы, отчасти в благосклонном отношении к нему Римской курии (папа Климент VIII назначил его своим первым лейб-медиком).
В Риме Цезальпин продолжал свою преподавательскую деятельность и там же умер.
Преподавал в Пизанском университете (1555) и в папской Коллегии мудрости в Риме (1592).
Гербарий Цезальпина сохраняется во Флоренции.
Памятник Чезальпино установлен в Пизе.
Скульптурное изображение Чезальпино установлено в Галерее Уффици во Флоренции.
В честь Чезальпино назван род растений Цезальпиния (Caesalpinia) L.
Медик
Некоторые учёные считают Чезальпино первым, ещё до Гарвея, открывшим кровообращение — он описал большой круг кровообращения.
Сердце он рассматривал в качестве центра движения крови и указал на центростремительный ток крови в венах. Он подробно описал клапаны сердца, малый круг кровообращения, отметил различия в структуре лёгочных артерий и вен, аналогичные различиям в структуре системных артерий и вен, но у него ещё не было ясного представления о большом круге кровообращения. Чезальпино обнаружил соединение между воротной и нижней полой венами, описал связь между расширением артерий и сокращением сердца и обратил внимание на вопрос возможного наличия сообщения между артериями и венами («Questionum medicarum libri II», 1593).
Философ
По словам одного из врагов его, идеи Цезальпина пользовались такой широкой известностью, что не только в Италии, но даже в Германии внушали к себе бо?льшее уважение, нежели изречения дельфийского Аполлона у греков. Цезальпин постоянно оставался аристотеликом или, вернее, перипатетиком, воспринявшим, однако, в своё философское учение некоторые позднейшие элементы. В истории философии установился тот взгляд, что Цезальпин преобразовал аверроистический аристотелизм в пантеизм. В этом смысле он признаётся одним из видных предшественников Спинозы. Своё философское учение он изложил в труде «Quaestiones peripateticae» (Венеция, 1571; ко 2-му изданию, 1593, присоединён другой философский трактат — «Daemonum investigatio peripatetica»).
Основные положения его учения сводятся к следующему. Наше мышление отправляется от всеобщего; последнее выражается или в общих и основных принципах разума, или в общем представлении, которое слагается в нас благодаря показаниям чувств от соприкосновения с внешними предметами. Однако это всеобщее, познаваемое нами при помощи индукции, является лишь неопределённым и смутным целым, преобразующимся в отчетливое и ясное познание природы вещей лишь благодаря усмотрению различий.
Процесс определения понятий показывает нам, что такое субстанция, и приводит нас к противоположности между формой и материей вещей, а также к причине, объясняющей, почему субстанция такова, какова она есть на самом деле; но мы никогда не в силах доказать, что сущее есть на самом деле. Там, где мы не встречаем сочетания материи и формы, определение понятий не может иметь применения. Чистая форма не подлежит объяснению; она есть самое всеобщее и простое, сущее, которое не может иметь причины. Это одухотворяющее формирующее начало, этот принцип всех форм и есть Бог, первый и высший разум, а следовательно, первое, абсолютно чистое и простое действие. Эта первоначальная субстанция является источником первичной силы; она не имеет ничего общего с количеством и потому не может быть названа ни конечной, ни бесконечной; она не может быть продуктом чьего-либо творчества и не может действовать ради какой-нибудь определённой цели в собственном смысле этого слова, так как сама является конечной целью всех возможных целей, неподвижной самой в себе; она заслуживает безусловной любви. Но для того, чтобы божественное, или абсолютное, добро могло быть абсолютно желательным, должны быть ещё и такие субстанции, такие существа, который могли бы избирать его целью своих стремлений. Поэтому-то независимо от первичной субстанции есть ещё другие, существование которых сводится к ней и которые являются субстанциями лишь постольку, поскольку они сопричастны этому принципу одухотворяющей формы. В нём-то и коренится единство мировой системы.