Старший из пяти сыновей Петра Ивановича Борятинского. Служба его началась в 1577 году, когда он был воеводою в Иван-городе. Зимой 1589/1590 года участвовал в царском походе под Нарву в должности подрынды «у большого саадака». Вместе со своим отцом построил в 1594—1595 годах в Сибири крепости Берёзов и Сургут, в последнем был первым воеводою. В 1598 году подписался под соборным постановлением об избрании на царство Бориса Годунова.
В 1599 году Борятинский встречал в Твери шведского принца Густава. В 1600 году назначен послом в Данию, но по какой-то причине туда не поехал. 13 июня 1601 года назначен послом на съезде с датскими послами в Лапландию межевать рубежи между Россией и Данией. Затем назначен в Царёв-Борисов третьим воеводой, где местничал со вторым воеводой С. Гагариным. 19 сентября 1602 года встречал датского принца Ханса. В 1603 году он был отправлен к крымскому хану Казы-Гирею, при котором должен был состоять русским послом. Но эта его миссия продолжалась недолго: хан, разгневанный на него за то, что он не хотел принимать никаких мер, чтобы остановить набеги донских казаков, выслал его из Крыма. После этого Борятинский проживал в Москве, выполняя лишь незначительные поручения.
В 1605 году перешёл на службу к Лжедмитрию I и назначен воеводой в Иван-город. В 1607 году ездил с посольством от Василия Шуйского в Стокгольм. В 1608 году назначен Василием Шуйским воеводой в Ярославль. 8 октября 1608 года сдал город Лжедмитрию II, за что получил от него чин боярина. Привёл к присяге Вологду. Известно, что через Яна Сапегу выпрашивал поместья. 8 апреля 1609 года бежал из Ярославля, в который из Вологды пришло ополчение Никиты Вышеславцева. 14 марта 1610 года назначен Лжедмитрием II воеводой в Новгород-Северский, который ему было велено укрепить, так как ожидалось нападение литовцев.
Приверженцем самозванцев и поляков Борятинский оставался вплоть до 1613 года, но принеся в этом году повинную и присягу на верность царю Михаилу Фёдоровичу, служил ему верно до самой смерти. В 1615 году был воеводой в Переяславле-Рязанском. В 1617 году он ездил в Стокгольм для ратификации Столбовского договора. В 1620—1621 годах второй воевода в Переяславле-Рязанском. В 1621 году был отправлен, в звании воеводы, в Казань, для сбора войска по случаю начинавшейся войны с поляками. Наконец, в 1635 году послан воеводою в сибирский город Тару, где и скончался в 1638 году без потомства. В 1636—1639 годах производился «сыск» по поводу злоупотреблений и раздоров Борятинского с Григорьем Кафтыревым, где, между прочим, Борятинский обвинял Кафтырева даже в намерении убить его.
В Сургуте на центральной улице стоит памятник основателям города.
