Происхождение, учёба, постриг
Валентин Лебедев родился в семье священника (по некоторым сведениям — личного дворянина) города Старица Тверской губернии Мефодия Ивановича и Марии Семёновны Лебедевых, у которых он был единственным сыном.
Учился в Казанской Духовной Академии (КДА), которую закончил в 1899 г. со степенью кандидата богословия (утверждён в ней архиепископом Казанским и Свияжским Арсением /А. Д. Брянцевым/ 24 июня /6 июля/ 1899 г.).
16 (28) ноября 1896 г., вместе с Нафанаилом (Н. З. Троицким) (1864—1933) — будущим епископом Уфимским и Мензелинским (а впоследствии — архиепископом Харьковским и Ахтырским) — В. М. Лебедев был пострижен в монашество в КДА её ректором — архимандритом Антонием (А. П. Храповицким) с наречением имени Варсонофий.
В том же 1896 г. — на втором курсе обучения — был рукоположён во иеродиакона архиепископом Казанским и Свияжским Владимиром (И. П. Петровым).
13 (25) сентября 1897 г. рукоположён епископом Чебоксарским Антонием (А. П. Храповицким) в сан иеромонаха.
Служение в Казанском Спасо-Преображенском монастыре
И.д. и помощник наместника
29 июля (10 августа) 1899 г., по окончании курса КДА, Варсонофий (В. М. Лебедев) был назначен и.д. наместника Казанского Спасо-Преображенского монастыря, а 7 (20) октября 1899 г. определён помощником наместника и наблюдателя Миссионерских курсов при КДА. 30 августа (11 сентября) 1899 г. — он был награждён набедренником.
1 (13) декабря 1899 г. епископом Чебоксарским Иоанном (И. И. Алексеевым) Варсонофий (В. М. Лебедев) был назначен «временным экзаменатором ищущих псалоломщических мест».
Определением Святейшего Правительствующег Синода (СПС) за № 2887 от 12/13 (25/26) июля 1900 г. он был удостоен звания соборного иеромонаха Ставропигиального Московского Донского монастыря. 6 (19) мая 1902 г. Варсонофий (В. М. Лебедев) был награждён наперсным крестом, «от Св[ятейшего] Синода выдаваемым».
Определением СПС от 25 августа (7 сентября) 1905 г. он был назначен ректором Волынской духовной семинарии, но, согласно собственному прошению, оставлен на прежнем месте (что было утверждено определением СПС от 8 (21) октября 1905 г.).
Архимандрит и наместник
«К 6-му мая 1906 года» Варсонофий (В. М. Лебедев) был «награждён саном архимандрита» и 19 мая (1 июня) возведён в него в Казанском Спасо-Преображенском миссионерском монастыре (КСПММ) архиепископом Казанским и Свияжским Димитрием (Д. И. Самбикиным). При этом, как отмечалось в «Ведомости о монашествующих и послушниках Казанского второклассного Спасо-Преображенского Миссионерского монастыря» за 1906 г., Варсонофий (В. М. Лебедев) поведения был «отлично хорошего», «к послушаниям способен». До принятия монашества женат не был, под судом не состоял.
Определением епархиального начальства от 19 августа (1 сентября) 1907 г. он был назначен и.д. настоятеля Казанского Успенского Зилантова мужского монастыря, а указом Казанской Духовной Консистории (КДК) от 3 (16) октября 1907 г. — и.д. благочинного 2-го округа монастырей Казанской епархии.
Согласно определению СПС от 15 (28) октября 1907 г. за № 12208, Варсонофий (В. М. Лебедев) стал наместником КСПММ и наблюдателем Казанских миссионерских курсов (КМК). Указом КДК от 22 февраля (7 марта) 1910 г. он был назначен благочинным 1-го округа монастырей Казанской епархии.
Конфликт с настоятелем монастыря
В свою бытность архимандритом и наместником КСПММ Варсонофий (В. М. Лебедев) не сошёлся характером с его настоятелем — епископом Мамадышским Андреем (князем А. А. Ухтомским). Постепенно дошло до того, что он начал целенаправленно избегать встреч с последним, объясняя это постоянными придирками к нему. В 1909 г. конфликт между ними вырвался наружу.
