Сочинения Филопона насчитывают как минимум 40 названий. Ему принадлежат комментарии на «Введение» Порфирия, на трактаты Аристотеля: «Метафизика», «Категории», «О душе» (I и II), «Аналитики», «Физика», «Метеорология» и др. Более известны его собственные трактаты «О вечности мира» против Прокла Диадоха, «О сотворении мира» против Аристотеля (известный по цитатам и критике Симпликия в комментарии к «О небе»), «Арбитр, или О единстве» (известный по цитатам у византийских авторов и сирийскому переводу), «Об устройстве и применении астролябии».
В работе «О сотворении мира» Филопон подвергает критике неоплатоническую интерпретацию платоновского «Тимея» (творение космоса как вневременной акт), и защищает тезис, используя критическую аргументацию Ксенарха из Селевкии, о начале творения мира согласно ветхозаветной книге Бытия, с которой, как он считал, Платон был знаком.
В критических комментариях к сочинениям Аристотеля Филопон высказал несколько новых идей о природе движения, в том числе предположил, что свободное движение поддерживает не окружающая среда, как считал Аристотель, а некоторый начальный запас того, что впоследствии было названо «импетус» (impetus). Эту идею впоследствии развили Авиценна и Буридан.
Тритеизм и монофизитство
Хотя в собственных работах Филопон выступает с выраженных христианских позиций, ортодоксальным христианином он не является. Симпатии к Аристотелю, выдержанные у Филопона, с одной стороны, не мешают противоречию с платонической концепцией александрийского неоплатонизма, с другой — приводят к таким еретическим взглядам, как тритеизм и монофизитство.
Аристотель признавал только такое единство, которое обязательно является единством множественного. Понимая, что целое отлично от своих частей и в этом смысле выше своих частей, Аристотель, тем не менее, не признавал это целое особой «собственной» субстанцией, которая была бы выше своих частей; то есть целое, по Аристотелю, только и существует в своих частях, как их семантическая совокупность.
Филопон, признавая в божестве три ипостаси (как того и требовало христианство), эту троичность характеризовал просто как трёх разных богов. Такого тритеизма ортодоксальное христианство, конечно, признать не могло, так как языческому политеизму противопоставляло себя как раз в неделимой единичности божества.
Преодолеть такой тритеизм можно было только на основе платонического учения о сверхсущем первоединстве, но уже с новым, а именно персоналистическим пониманием этого первоединства. Александрийский неоплатонизм с самого начала был равнодушен к платоническому учению о сверхсущем первоединстве. В лице Филопона это равнодушие перешло к прямой критике; для триипостасного существа у него не оставалось ничего сверхипостасного, что сливало бы эти три ипостаси в одну и нераздельную личность.
Вторая позиция Филопона также еретична с точки зрения ортодоксального христианства (и для александрийского неоплатонизма не менее характерна). Новая религия без исключений требовала признания в Христе двух субстанций, божеской и человеческой. Так как субстанция Бога принципиально отличается от субстанции человека, было необходимо признать такое присутствие божества в материи, при котором в своей субстанции не теряло бы ни само божество (иначе собственно монотеизм был бы утрачен), ни материя (иначе явления Бога в мире и, прежде всего, реального воплощения Бога в мире не существовало бы).
Признание двух разных субстанций в одной субстанции богочеловека значило бы привлечение старого платонический принципа сверхсущего первоединства. Филопон, увлеченный формальной логикой Аристотеля против диалектики Платона, по этому пути пойти не мог и, соответственно, выводил положение о наличии в Христе только одной, именно божественной, субстанции. Христос — только Бог, и человеком в то же самое время не является; когда говорится о богочеловечестве Христа, говорится, с точки зрения Филопона, только в переносном смысле.
