В 1922 году Сергей Карпов поступил на медицинский факультет Томского университета, после его окончания в 1927 был направлен заведовать участковой больницей в Ижморском районе, а через три месяца был призван в армию и назначен младшим врачом полка связи СибВО, который был расквартирован в Томске.
В 1928 Г. Ф. Вогралик пригласил Карпова на кафедру инфекционных болезней в качестве ординатора, на которого возлагалось и преподавание. В ноябре 1929 года одновременно с работой в клинике он был зачислен лаборантом эпидотдела Бактериологического института. Именно здесь Сергей Петрович эффективно сочетал большую оперативную и противоэпидемическую работу с научно-исследовательской. В 1934 году, не прерывая работы в Институте эпидемиологии и микробиологии (новое название Бактериологического института), принял приглашение профессора Г. Ф. Вогралика на должность доцента кафедры эпидемиологии.
В 1937 году в связи со смертью Г. Ф. Вогралика Сергей Карпов был назначен заведующим кафедрой микробиологии Томского медицинского института (1942 — 1976). Карпов уделял большое внимание подготовке научных кадров, создал школу сибирских микробиологов, вирусологов, иммунологов. Под его руководством выполнено 13 докторских и 80 кандидатских диссертаций, его учениками являются академик АМН СССР Н. В. Васильев, профессора З. М. Землякова, О. В. Васильева. В. Д. Подоплекин, Т. С. Федорова, Ю. В. Федоров, Е. П. Красноженов.
В годы Великой Отечественной войны Сергей Петрович совместно с сотрудниками в связи с возникшими трудностями в снабжении производства бактерийных препаратов различным сырьем и химикалиями развернул работу по изысканию различных заменителей, а также полного использования применявшегося в производстве сырья. В послевоенные годы возглавил группу научных работников медицинского института, института вакцин и сывороток, университета и практических врачей, успешно изучавшую встречающиеся на территории Западной Сибири заболевания с природной очаговостью (клещевой энцефалит, листериоз, лихорадка Ку).
Редактор Большой медицинской энциклопедии АМН СССР. Автор восьми монографий.
В 1952 году за выдающиеся заслуги в области микробиологии С. П. Карпов был избран членом-корреспондентом АМН СССР, а в 1974 году — действительным членом АМН СССР.
Награды
- 1952 — Орден Трудового Красного Знамени;
- 1960 — заслуженный деятель науки РСФСР;
- 1961 — Орден Знак Почёта;
- 1970 — Орден Ленина;
- медаль «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.»;
- Именем Карпова названа улица в Томске.
Сын — академик РАМН Ростислав Сергеевич Карпов.