Вероятно был незаконнорожденным сыном императора Андроник III Великий Комнин. В январе 1332 года после смерти отца восьмилетний Мануил стал следующим трапезундским императором.
Во время восьмимесячного правления Мануила Трапезунд подвергся нападению халивийского эмира Байрам-бека. Войскам эмира удалось проникнуть вглубь трапезундской территории, но они достаточно быстро были отброшены назад. Несмотря на эти военные успехи положение Мануила и его сторонников было довольно шатким. Провизантийская партия в столице активно призывала вернуться в Трапезунд дядю Мануила Василия Великого Комнина, находившегося в тот момент в Константинополе. В сентябре 1332 года Мануил был свергнут и заключен под стражу вернувшимся Василием, а неудачное восстание в феврале 1333 в поддержку Мануила послужило причиной для его казни.
